Après avoir assisté impuissant au drame qui frappe le royaume Champignon, vous prenez le contrôle de Toad. Allez chercher Mario sous la douche pour lui apprendre la terrible nouvelle. Une première confrontation très simple avec Bowser survient alors. Ecoutez les conseils de Toad qui vous explique comment faire plus de dommages en attaque et comment éviter les attaques de l'ennemi. Après quelques coups, Bowser abdique et accepte de s'allier avec Mario pour retrouver la voix de la princesse Peach. Avant de prendre le tortue-jet pour partir au royaume de Végésia, explorez le parc et interrogez les Toad pour en apprendre plus sur le système de jeu. Sautez sur les haies à gauche pour trouver un champignon dans le bloc. Le personnage situé en haut sur la haie vous demande de lui retrouver un objet qu'il a perdu. Longez la haie de gauche jusqu'en bas pour trouver l'objet précieux et rendez-le lui. Il vous cède un champignon 1Up pour vous récompenser. Dans la partie droite, récupérez le champignon et rendez-le à Toad pour qu'il vous remercie avec un super champignon. Sautez sur la haie de droite pour obtenir un autre champignon dans le bloc. Parlez ensuite au Koopa et dites-lui que l'armée de Bowser se trouve vers le nord. Allez ensuite voir Luigi et passez à l'écran supérieur. Vous trouvez un livre de sauvegarde. Lorsque vous vous apprêtez à quitter l'écran, un vieux Toad vous remet la valise dans laquelle vous stockerez tous vos items et à laquelle vous pourrez accéder avec le bouton Select. Il vous remet également un sac de 100 pièces. Arrivé au tortue-jet, vous assistez au rassemblement de l'armée de Bowser et à l'enrôlement forcé de Luigi.