A votre réveil, vous vous rendez compte que vous êtes à l'intérieur du Cygne Noir. Vous devez quitter la pièce dans laquelle vous vous retrouver. Sur un des murs de la pièce se trouve un passage qui mène vers les conduits d'air. Traversez ces conduits à la recherche de vos biens. Après avoir visité tous les compartiments et vous être réapproprié les équipements de vos camarades, allez à la recherche des vôtres. Lorsque vous aurez trouvé la pièce qui contient vos objets, franchissez la porte. Dirigez-vous vers l'ouest du vaisseau et faites attention aux tourelles qui vous tirent dessus et disparaissent. Combattez ensuite Golem (un des sbires du Prophète) et éliminez-le. Lorsque vous l'aurez vaincu, Dalton apparait puis s'échappe à bord de l'Ibis. Vous devrez alors le combattre. Lorsque vous en viendrez à bout, montez à bord de votre appareil et détruisez le Cygne Noir. Eloignez-vous de cet endroit.

En fin de compte, vous atterrirez devant le Village des survivants. Allez à la tente de gauche pour sauvegarder puis visitez celle du milieu pour acheter de nouveaux équipements chez le Gnu. Ensuite, allez à la Place du Village et parlez à tout le monde et particulièrement à la femme qui est près de la plante et qui vous demande si elle devrait plutôt la planter ou la bruler. Conseillez-lui de la planter. Un habitant affirme avoir aperçu une ombre au cap nord. Allez sur place en vous dirigeant vers le nord. Sur place, vous trouverez Magus, vous pouvez le combattre ou pas. Si vous le combattez, vous gagnez une amulette et si vous le laissez se joindre à votre groupe il vous sera d'une aide inestimable. Allez vers l'Ibis puis montez à bord. Vous apercevrez alors le Palais de l'Océan. Vous pouvez le visiter mais votre niveau actuel ne vous permet pas de progresser très longtemps. Allez plutôt vers la Fin des Temps.