Vous vous retrouvez donc à la Fin des Temps. Parlez au vieil homme qui vous annonce que vous aurez besoin d'ailes pouvant parcourir librement le Temps. Pour cela, vous devez revenir à l'an 2300 et rejoindre le Dôme du Gardien. Sur place, vous pourrez ouvrir la porte noire grâce au collier. Donc, pour y aller, passez par le Pilier n°2 et allez vers les Ruines n°32. Faites une couse contre Johnny ou allez-y à pieds en prenant le chemin de gauche. Vous aurez à combattre jusqu'à trois mutants en même temps. Emparez-vous de l'enregistreur dans le coffre qui est à l'Est. Lorsque vous atteindrez la sortie, allez parler à Johnny. Certains scores vous donneront droit à des bonus comme dix Super-Ethers.
Lorsque vous êtes prêt, sortez des Ruines et passez par les égouts pour rejoindre le Dôme du gardien. Parlez au Gnu et prenez la route du Nord vers la porte Noire. Ouvrez-la grâce au collier puis entrez. Vous vous retrouverez dans une pièce contenant cinq points scintillants. Examinez-les tous pour connaitre l'histoire de l'humanité telle que écrite par Gasch ; le Sage de la raison du royaume de Zhyle. Il vous demande à travers ses écrits de battre Lavos et vous offre sa création ; les Ailes Du Temps. Avancez pour atteindre une autre porte noire. Ouvrez-la et admirez enfin "les Ailes du Temps". Allez tout au bout de la pièce et assistez au petit dialogue entre vos amis. Ensuite, essayez de quitter la pièce et vous serez stoppé par le Gnu de tout à l'heure. Il s'avère que cette créature possède l'esprit de Gasch. Il vous demande de nommer la machine (le nom par défaut est Ibis) avant de monter à bord et la mettre en marche.
Votre devez maintenant vous rendre à l'Antiquité (-12 000 avant JC). Une fois sur place, vous déclenchez une cinématique. Après cette petite scène, vous vous retrouverez sur la glace. Allez au Nord-est vers la Caverne des terriens. Escaladez une échelle et prenez à gauche vers la sortie (parlez à tous ceux que vous rencontrerez en cours de route). Franchissez l'entrée de droite pour trouver un marchand. Après avoir fait vos courses, sortez et descendez via une première échelle puis une deuxième. Parlez au petit garçon et allez vers l'entrée Est pour vous reposer.
Ensuite, sortez et descendez à une autre l'échelle pour parler aux habitants et réaliser que le trou mène au Nus du Terraphage. Cette zone relie le Mont du tourment à la surface. Sauvegardez et traversez le passage pour vous retrouver au Sud. Dans le coin droit se trouve une Gélule de force, prenez-la et continuez vers le Nord. Combattez les Terraphages à deux reprises puis montez les escaliers et vous rencontrerez le prochain Boss (Terra-diablotin avec ses deux Terraphages Bleu et Rouge). Le Terra rouge est sensible aux attaques du duo Chrono-Marle (Sabre de glace) tandis que le Bleu est sensible au feu (mais aussi au duo Chrono-Gren). Sachez que si vous abattez les deux acolytes du boss, ce dernier risque de s'enfuir. Que vous le tuiez ou pas, vous remportez le combat. Montez ensuite sur la chaine qui vous mènera au Mont du tourment.