Vous vous retrouvez donc dans le Fort et vous entamez un combat assez facile. Entrez dans le passage ouvert et descendez les escaliers. Après un combat contre deux Sauriens, actionnez l'interrupteur près de la porte des ossements pour libérer les prisonniers. Maintenant, continuez et descendez les escaliers suivants. Tuez les trois Sauriens qui s'y trouvent puis Parlez à Kino à travers les barreaux de la cellule.
Libérez-le, prenez le contenu du coffre et suivez-le. Avancez en sa compagnie et montez les escaliers. Entrez dans la pièce dans laquelle se trouvent deux interrupteurs. Chaque interrupteur sert à actionner une trappe qui fera disparaitre un groupe d'ennemis. Franchissez la porte de droite effectuez les deux combats. Utilisez l'attaque solo Foudre ou Foudre² pour réduire les défenses de vos ennemis. Passez ensuite la porte puis prenez la Méga-potion qui se trouve dans le coffre de gauche. Ignorez celui de droite et rebroussez chemin. Franchissez maintenant la porte de gauche.
Cette pièce contient des téléporteurs cachés, ils vous permettent de vous déplacer dans cet endroit pour atteindre des coffres. Ces derniers contiennent un Armet Osseux, une Potion et un Nectar d'Athéna. Il en existe un en haut qui contient un Plastron osseux (à droit de la pièce). Pour atteindre le téléporteur qui vous y emmènera, avancez droit devant vous après l'entrée puis prenez la deuxième à droite et vous serez alors téléporté vers le Sud-ouest. Prenez à droite à nouveau et vous vous retrouverez devant le coffre. Avancez ensuite et montez les marches jusqu'à la corniche. Franchissez la seule porte ouverte (il y en a deux) pour vous retrouver devant deux interrupteurs. Ils permettent d'ouvrir le crâne qui est en face de vous (celui de gauche déclenche également un combat). Actionnez l'interrupteur qui est dans le crane pour ouvrir la porte de la corniche qui était fermée. Rebroussez chemin et franchissez-la.
Sauvegardez votre partie et montez les escaliers pour que Nizbel II vous barre la route. Combattez-le et montez puis avancez jusqu'au balcon. Prenez la seule porte ouverte et entrez dans la pièce. Activez les interrupteurs l'un après l'autre pour combattre deux Mégasaures (interrupteur de droite), sauvegarder (interrupteur central) et faire apparaitre deux trous au sol (celui de gauche). Allez maintenant dans la pièce dont vous avez ouvert la porte pour retrouver Azara et son animal : Tyrannosaure. N'oubliez pas de prendre les coffres qui sont à gauche et à droite et qui contiennent un Armet Osseux et un Super-Ether puis rejoignez Azara pour le combattre. Commencez par Azara en utilisant la magie puis passez à son animal de compagnie en utilisant des attaques en duo ou en solo. Choisissez de le combattre avec le trio Chrono, Ayla et Gren. Après les avoir vaincus, quittez la tanière. Cela coïncide avec l'arrivée de Lavos qui réduit tout le fort en poussière mais sans arriver à vous tuer.
Visitez le cratère géant qui se trouve maintenant à la place des grottes pour découvrir un Portail Temporel. Passez-le pour vous retrouver dans une nouvelle ère.