Vous commencez dès le début avec une armée de squelettes qui vous entourent. Montez le plus haut possible et vous devrez activer la machine qui est marquée d'un point d'interrogation, une fois les 3 générateurs activés, la porte s'ouvrira. Une fois de l'autre côté, détruisez les 2 tanks que vous trouvez même procédé que les 2 tanks que vous aviez battu dans les missions suivantes. Vous devrez vous battre contre 2 Léo en fer. Rien de plus simple, Ralenti + Zoom + Coups de poings, une fois ceci fait, la première partie est finie.

Vous commencez sur une plate-forme, tuez tous les ennemis qui s'y trouvent (il y'en a beaucoup) tout en évitant les lasers. Arrivez en haut, tuez le joker et faites un Triple « V » à la machine mais en accélérant le temps cette fois-ci. Vous devrez tuer les quelques monstres qu'il y'a et grâce aux missiles. Là il faut les taper au ralenti pour qu'ils aillent casser les vaisseaux en arrière plan, faites-le pour les 9 vaisseaux. Ensuite une fois la porte franchie, tuez tous les Léo pour récupérer la clef et passer à l'étape suivante. Pour les 3 étapes qui vont suivre, vous devrez parfois vous déplacer pour faire apparaître les monstres pour pouvoir boucher le conduit de gaz. Par contre, vous aurez un temps limité, donc soyez rapide et chaotique.

Et voici le boss de fin tant attendu, Captain Blue. Vous aurez, grandi considérablement, Le boss, est habillé d'un style japonais. N'ayez pas de pitié, toutes les attaques que vous aurez apprises au cours du jeu seront bonnes à prendre. Alternez entre coups de poings et coups de pieds. Faites très attention il utilisera tous ses pouvoirs pour vous mener la vie dure. Une fois battu, vous vous battrez contre Captain Blue sur la terre ferme. Tuez-le en lui faisant des coups spéciaux. Et voici, la fin, après 7 niveaux à la recherche de Silvia, vous serez que Captain Blue n'était que le père de Silvia. Triste fin, on se retrouvera très certainement, dans Viewtiful Joe 2 pour la suite des évènements avec Joe, Captain Blue et Silvia.