Lorsque vous serez prêt à finir le jeu, rendez-vous dans la salle la plus au nord-est de la carte de Chozodia pour affronter le boss final.
BOSS : Meta-Ridley
Cet affrontement ira très vite si vous avez un minimum de super missiles. Le seul moyen de l'atteindre est d'envoyer un missile ou un super missile en milieu de saut afin d'atteindre son coeur sans que le missile soit arrêté par le reste du corps du monstre. Les flammes qu'il vous envoie sont indestructibles et vous devez sauter pour les éviter, ainsi que ses coups de griffes et ses rayons verts. Les missiles qu'il vous envoie sont destructibles. Après quelques super missiles, le monstre s'effondre et enclenche le système d'auto-destruction du vaisseau.
Vous n'avez que quelques minutes pour vous évader avant la fin du compte à rebours. La durée dépend du mode de difficulté mais le parcours reste le même. Echappez-vous de la première salle par la gauche en faisant un trou sur la paroi de gauche en hauteur. Détruisez le plafond après le long couloir pour contourner la barrière, puis faites à nouveau un trou à gauche pour dégager une ouverture dans un conduit. Posez une bombe morphing pour descendre et empruntez la sortie située en bas à droite de cette salle. Faites des sauts successifs pour arriver dans la salle avec les boules électriques et posez une bombe de puissance dans le couloir plus bas pour faciliter votre progression en boule morphing. Prenez ensuite l'issue la plus au nord, enchaînez quelques sauts et repoussez la boîte de conserve pour sortir par la droite. Prenez les deux issues de droite les plus au nord pour atteindre un conduit qui mène au vaisseau des pirates. Celui-ci est gardé par deux monstres noirs qu'il faut éliminer rapidement avec des tirs chargés. Ceci fait, la porte de droite s'ouvre et vous permet de monter à bord du vaisseau pour fuir Chozodia. Vous pouvez à présent admirer la séquence et consulter votre score. Le jeu comporte plusieurs fins qui se traduisent par différents artworks qui vous récompensent en fonction du temps mis pour terminer le jeu (moins de 2h, moins de 3h, moins de 4h), du pourcentage d'items collectés (moins de 15%, plus de 15%, 100%) et du niveau de difficulté (facile, normal et difficile). D'autres artworks peuvent être débloqués en connectant Metroid Fusion.