Cette partie étant consacrée à la quête principale de Zelda : The Wind Waker, il est conseillé de se reporter régulièrement à la section concernant les quêtes annexes, pour éviter de passer à côté de certains objets facultatifs mais néanmoins importants. Hormis pour ce qui est des fragments de coeur et des cartes situées hors des donjons, il sera précisé dans la quête principale à quel moment il peut être utile de récupérer tel ou tel item particulier. Il suffira alors de se référer à la partie dédiée aux quêtes annexes pour trouver le détail d'obtention de l'objet en question. Il va de soi que tout bon aventurier ne consultera cette page qu'en cas d'extrême embarras.

• De l'obtention de l'épée et du départ vers l'aventure
• Guet-apens dans les sous-bois
• Initiation à la piraterie
• La Forteresse Maudite
• De la nécessité d'acheter un bout de tissu qui fasse office de voile
• L'Ile du Dragon et la Mélodie du Vent
• Caverne du Dragon
• Boss : Gohma
• Rencontre avec les esprits de la Forêt
• Les Bois Défendus
• Boss : Karle Demos
• Où il est question d'un certain Jabu
• Tour des Dieux
• Boss : Gordon
• Le Royaume Légendaire d'Hyrule
• Retour à la Forteresse Maudite
• Boss : Roi Cuirasse
• Où l'on fait connaissance avec un certain Daphnès Nohansen Hyrule
• A la recherche des Flèches de glace et de feu, des Bottes de Plomb et du Bracelet de Force
• Boss : Jay Harla
• Le Temple du Vent
• Boss : Gayla
• A la recherche du Triangle d'Or
• Retour en Hyrule
• La Tour de Ganon
• Boss : Ombre de Ganon
• Boss : Ganon Pantin (Alter Ganon)
• Boss : Ganon Araignée (Alter Ganon)
• Boss : Ganon Ver (Alter Ganon)
• Boss : Ganon