De retour à la Citadelle, il ne vous faut pas longtemps pour vous rendre compte que quelque chose cloche. Sitôt arrivé sur l'aire d'atterrissage du SSC, cela se confirme : les troupes de Cerberus ont pris le contrôle de la Citadelle. Choisissez-vous une allée d'où éliminer les agents du groupe pro-humain en veillant à détruire la tourelle au centre aussi vite que possible, achevez les survivants une fois les gaz fumigènes dissipés et allez parler à Bailey, qui gît blessé près de la porte. Après la scène, passez la porte, éliminez rapidement les deux soldats vous tournant le dos et apprêtez-vous à accueillir leurs collègues, qui comptent des Gardiens et un Ingénieur dans leurs rangs.
Passez les escaliers, réglez leur compte aux agents qui descendent du niveau supérieur, puis récupérez le Mod pour fusil d'assaut et le medi-kit avant de continuer vers une salle inondée. Prenez le Gardien négligeant par surprise, faites fondre les boucliers du Centurion et de l'Ingénieur qui rôdent un peu plus loin avant de leur asséner vos pouvoirs les plus expéditifs, puis faites le tour de la pièce pour récupérer une cagoule de reconnaissance et un medi-kit. Dans les toilettes jouxtant la salle, récupérez le fusil d'assaut Revenant, puis empruntez la seule voie disponible. Eliminez promptement l'Ingénieur sur la gauche avant qu'il n'ait le temps de finir son compte à rebours, ramassez le Mod pour fusil de sniper sur l'étagère, puis ouvrez le boîtier mural avec une balle bien placée pour pouvoir l'activer et pouvoir emprunter l'ascenseur.
Arrivé à l'étage suivant, examinez la console au fond, avancez en contournant la porte refusant de s'ouvrir, abattez comme bon vous semblera les deux soldats en poste au fond du couloir, puis examinez le terminal au début de ce dernier pour débloquer l'accès au pistolet Serre et à un datapad. Récupérez également le casque Sécuritel et le Mod pour pistolet dans la pièce d'à côté et continuez jusqu'au réfectoire jouxtant le bureau de l'Exécuteur. Là, une escouade de Cerberus vous tombe dessus : restez simplement bien à l'abri dans votre box pour en disposer sans peine, récupérez les deux medi-kit présents dans la pièce et le Mod pour fusil de sniper dans le bureau du fond et montez dans le bureau de l'Exécuteur.
Durant la scène qui suit, la survie de la conseillère galarienne ne tient qu'à un fil : en effet, elle survivra uniquement si Thane a survécu à votre mission suicide et que vous êtes venu lui parler à l'Hôpital de Huerta avant cette mission. Quoi qu'il en soit, l'assassin en fuite, vous le prenez en chasse en voiture volante et finissez par vous cracher dans le présidium. Là, vous faites connaissance avec les Fantômes et, si ce n'était déjà fait, avec les Nemesis. Les premiers sont de redoutables adversaires au corps-à-corps disposant d'une barrière : utilisez les pouvoirs Tir Percussif, Déchirure et vos munitions antigrav pour les annihiler. Quant aux second, il s'agit de snipers dotés de boucliers plutôt compliqué à éliminer si vous n'êtes pas vous même équipé d'un fusil longue portée : privilégiez le pouvoir Surcharge et les attaques au corps-à-corps pour les défaire une fois les Fantômes abattus. Réglez ensuite leur compte aux soldats plus standards de Cerberus en prenant de la hauteur si nécessaire.
Avancez le long des balcons pour vous rapprocher de la place Shalmar en récupérant les crédits au passage pour vous retrouver face à un méca Atlas accompagné d'autres soldats. Etant donnée la configuration des lieux, privilégiez l'élimination à la possession pour cette fois et utilisez les pouvoirs de votre escouade pour détruire le colosse de métal avant de vous occuper du cas de l'infanterie ennemie. La place dégagée, foncez en haut à gauche pour sauter sur l'ascenseur voisin de celui emprunté par l'assassin, puis détruisez les condensateurs sous sa cabine pour lui faire perdre du temps. Eliminez ensuite les Fantômes qui tentent de vous arrêter (ou tirez à nouveau sur les condensateurs pour les renvoyer d'où elles viennent), puis réglez leur compte à un petit groupe de soldats, que vous pouvez également faire chuter en détruisant les conduits au sommet de leur cabine. Enfin, sautez sur l'ascenseur où se trouve le Conseil lorsqu'il se stabilise à votre hauteur.
Durant la scène qui suit, des choix cruciaux devront être fait. Votre compagnon (Ashley ou Kaidan) fait en effet office d'escorte au Conseil, mais tous ignorent qu'ils ont été trahis par l'un des leurs. Votre irruption sème donc le doute chez votre ancien camarade, et de vos actions passées à son égard dépendra la facilité avec laquelle vous pourrez le convaincre de votre bonne foi.
{{uppage}}Ainsi, lui avoir rendu visite à l'hôpital en lui offrant un cadeau aidera grandement, de même que lui être resté fidèle ou, au moins, avoir fait preuve de franchise à son égard. Quel que soit votre alignement, une fois votre compagnon convaincu, activez l'option pragmatique qui s'affiche par la suite, sous peine de perdre de précieuses ressources de guerre. Le putsch évité, votre mission prend fin et d'autres affectations vous attendent.
