Après cette brève et délicate opération, Isaac semble en pleine forme. Quand la nouvelle créature débarque dans la salle, amputez ses bras et ses jambes pour l'immobiliser. Allez ensuite pirater la porte et sortez avant qu'elle ne se fasse repousser de nouveaux membres.

Allez à droite pour prendre le point de force qui se trouve dans l'armoire puis avancez ensuite dans le couloir et, avant de tourner à gauche, prenez la transmission qui se trouve près d'un cadavre. Avancez jusqu'à la salle des conduits de régulation thermique et prenez la transmission qui se trouve devant la console centrale. Utilisez le cadavre qui se trouve sur la console sur le scanner de la porte qui se trouve à droite. Neutralisez les ennemis qui rappliquent et quittez la salle.

Avancez d'un couloir à l'autre en suivant votre traceur. Avant de tourner à droite, avancez vers la porte fermée et regardez à droite pour trouver et prendre un point de force. Suivez ensuite le chemin qui mène à droite et neutralisez les Abominations avant de prendre l'ascenseur.

Une fois en bas, repoussez les ennemis et allez vers la porte. Retirez le panneau avec la télékinésie et détruisez les fusibles pour ouvrir la porte. Entrez dans la prochaine salle, nettoyez-la et passez par la porte circulaire. Utilisez le panneau pour désactiver la gravité et décollez.

Avancez en évitant les pistons et les rayons et en esquivant les tirs de l'ennemi qui se trouve au fond. Tirez sur les poches jaunes de l'ennemi pour l'exploser puis rétablissez la gravité et entrez par la porte.

Avancez, entrez dans la réserve si vous le souhaitez et continuez jusqu'à la salle du modérateur. Tournez à gauche et prenez le point de force qui se trouve dans l'armoire. Continuez jusqu'à la salle suivante et utilisez le Stock et le Plan. Entrez enfin pour atteindre le Monolithe.