Une fois dans le siège du gouvernement, avancez et ignorez pour l'instant la porte qui se trouve à gauche. Suivez le couloir et prenez le point de force qui se trouve dans l'armoire située à gauche. Revenez ensuite à la porte et entrez. Après la brève rencontre avec Ellie, continuez solitairement votre chemin.

Utilisez l'ascenseur pour descendre dans le hall et affrontez les hordes d'ennemis qui vous attaquent. Allez du coté opposé du hall et prenez le point de force qui se trouve dans l'armoire. Montez ensuite l'escalier, allez à gauche et piratez le système pour ouvrir la porte.

Avancez et descendez la rampe pour vous faire arrêter par les soldats ennemis.

Courez rapidement dans les toilettes qui se trouvent à droite pour vous mettre à l'abri. Prenez le point de force qui se trouve sur le lavabo et allez à droite pour entrer dans le conduit. Sortez de l'autre côté, allez à droite et montez l'escalier. Entrez ensuite dans la salle suivante et allez au fond, à droite. Retirez le panneau et la batterie pour plonger la zone dans le noir, vos ennemis seront alors la proie des Necromorphs.

Descendez dans la zone du massacre et finissez le travail en éliminant le reste des créatures. Passez la porte et suivez le chemin indiqué par Nicole. Utilisez un cadavre pour le passer devant le scanner pour pouvoir avancer.

Entrez dans le couloir et avant de tourner à droite continuez d'avancer tout droit pour prendre la transmission.

Descendez ensuite les marches et entrez dans le labo. Eliminez les Necromorphs et avancez vers la porte. Avant de sortir, prenez la transmission qui se trouve derrière le comptoir situé à gauche. Continuez dans la salle annexe du projet pour trouver un Plan et une réserve devant une borne.

Continuez votre chemin pour atteindre la salle de stockage. Neutralisez les Traqueurs et allez sous la batterie suspendue pour prendre une transmission.

Allez ensuite au coin sombre, à droite des microscopes, pour prendre le point de force. Utilisez la télékinésie pour retirer la batterie suspendue et remplacez celle de la porte du fond. Entrez ensuite par cette porte et avancez pour atteindre la zone protégée par les rayons lasers tournants.

Suivez le mouvement des lasers et courez vers la première salle. Prenez le point de force puis foncez vers la deuxième et ensuite la troisième en éliminant les ennemis dans chaque salle.

Montez en utilisant l'ascenseur et utilisez le panneau pour arrêter la rotation des lasers. Utilisez ensuite la télékinésie pour faire descendre les plates-formes et former un pont pour atteindre le balcon d'en face. Entrez par la porte et avancez jusqu'à la salle du conduit thermique.

Neutralisez les hordes d'ennemis et avancez vers une autre salle similaire qui grouille de Necromorphs.

Poursuivez votre chemin et entrez dans la grande salle vide. Prenez la transmission qui se trouve à droite, par terre. Avancez vers la porte pour qu'une brute arrive par le plafond. Utilisez le Stase pour ralentir son mouvement et tirez comme d'habitude sur les poches jaunes, sur ses épaules. Piratez ensuite la porte pour entrer.

Avancez pour atteindre la salle du noyau du projet. Allez à gauche où se trouve le Stock et prenez le message qui se trouve sur la table (à droite) et la transmission, près du casque (à gauche). Utilisez ensuite le Stock et le Plan avant de prendre l'ascenseur jusqu'au Monolithe.

Après la cinématique, entrez dans la salle de contrôle puis dans la machine. Positionnez le rayon de l'aiguille au dessus de la rétine d'Isaac et, quand le rayon devient bleu, descendez l'aiguille lentement pour éviter qu'il panique. Enfoncez l'aiguille dans l'oeil d'Isaac pour terminer le processus.