Mission 11 : Voyage jusqu'à la forêt de nuages
Suivez le marais puis escaladez la petite colline à gauche.
Assommez le gardien en face et le sniper juste sous vos pieds. Continuez tout droit puis montez sur la petite colline à droite et surprenez le soldat à votre gauche, derrière le grand tronc d'arbre. Continuez votre route jusqu'à la " Selva de la Leche : Coteau ".
Descendez la pente puis montez sur la colline qui est à votre droite. Assommez le premier sniper puis le deuxième en face et passez à l'otage au fond vers l'ouest et ramenez-le avec le Rec.Fulton. Neutralisez le deuxième sniper à votre gauche puis passez au " Catarata de la Muerte ".
Mission 12 : Attaque de l'hélico de combat Mi-24A
Toujours armé de votre mitrailleuse M16, le lance-roquettes jetable et le marqueur de demande d'approvisionnement, commencez par éliminer les soldats. Restez accroupi derrière les collines pour éviter les tirs de l'hélico. Ensuite, attaquez les deux réservoirs rouges puis la vitre postérieurdu Mi-24A jusqu'à l'apparition du capitaine. Tuez-le.
Mission 13 : En route pour le labo
Prenez le nord, vers " Selva de la Muerte : pied de la falaise" et neutralisez les deux snipers à droite et à gauche puis récupérez la Ration avant de monter au sommet de la falaise.
Assommez le soldat derrière le tronc d'arbre à droite puis celui caché dans les ruines et enfin les deux snipers en haut. Revenez aux ruines rectangulaires et sauvez l'otage puis entrez dans le grand arc, vers les mines de Xochiquetzal.
Après la cinématique, neutralisez tous les gardes dans les ruines et sauvez l'otage au centre. Enfin prenez le chemin qui mène en haut.
Mission 14 : Récupération du passe
Dans la préparation de la mission, enlevez le passe de Huey et laissez sa place vide pour la récupération d'un autre, plus tard. Neutralisez tous vos ennemis et prenez l'impasse à votre droite. Sauvez le prisonnier, prenez la Ration et sortez des ruines. Assommez les trois soldats au milieu de la jungle de la " Selva de la Muerte " et descendez au pied de la falaise. Tirez sur le sniper en face, ramassez la Ration à votre gauche et passez par le mur démoli en face de vous.
Dans cette mission, vous cherchez un soldat qui porte un gilet orangé, il peut être à " Selva de la Leche : Coteau " comme il peut être à " Selva de la Leche : Jungle ". Vous pouvez être sur de l'endroit lorsque la jeune Cécile vous indique qu'il s'agit du chant de l'oiseau Quetzel. Dès que vous récupérez le passe, revenez vite au " Laboratoire IA ".
Enlevez le maximum de disques ensuite suivez les touches affichées à l'écran.
Mission 15 : Attaque du Chrysalis
Prenez vos armes les plus puissantes et n'oubliez pas le marqueur de demande d'approvisionnement. Le Chrysalis possède quatre types d'attaques, les mitraillettes, les missiles, les coups de choc électrique et les sentinelles. Vous pouvez esquiver les trois premières attaques en courant à gauche et à droite, alors que pour le dernier, quelques coups de mitraillettes suffiront pour faire tomber les sentinelles.
Visez toujours le grand cylindre gris au moment où le Chrysalis lance les missiles, sinon il esquivera toutes vos attaques. Parfois Metal Gear se cache à gauche de la grande pyramide, profitez-en pour lui tirer dessus. Lorsque sa jauge de vie sera vide, déverrouillez l'IA en lui tirant dessus. Entrez et enlevez un maximum de disques colorés.