Une fois à l'extérieur, sautez dans la Batmobile et lancez-vous à la poursuite du fourgon blindé. La carte ne vous fournira pas d'indication utile, contentez-vous de suivez les marqueurs bleu au sol pour rejoindre le fourgon (la cinématique ne se déclenchera que si la batmobile se trouve à l'arrière du fourgon. S'ensuivra une séquence rail-shooter où vous devrez à la foi détruire l'armement du fourgon mais également les hélicoptères ennemis.

Une fois dans le fourgon, éliminez les sbires de Lex et récupérez la combinaison aimant pour Robin. Vous pouvez effectuer une sauvegarde si vous le souhaitez. Utilisez l'aimant pour faire circuler la boule bleue vers la porte afin de faire apparaître les tuyaux praticables pour Robin. Libérez l'échelle pour Batman et faites coulisser le panneau bleu pour obtenir la combinaison détectrice de Batman.

Prenez le contrôle de Batman, activez l'invisibilité et montez sur le toit du fourgon. Désactivez la caméra de surveillance en détruisant le bloc Lego situé au-dessus des escaliers afin que Robin puisse vous rejoindre et détruire les blocs bleu qui freinent votre progression. Utilisez ensuite la vision détectrice de Batman pour court-circuiter le second panneau.

Utilisez le batarang pour éliminer les deux sbires en jetpack, vous obtiendrez ainsi la combinaison chauve-souris pour Batman. Planez jusqu'au générateur d'électricité et détruisez-le afin de libérer le passage pour Robin. Utilisez l'aimant de Robin pour détruire le panneau bleu et accéder au terminal. Profitez de la brèche ouverte par l'avion de Batman pour gagner l'étage inférieur.

Dans la salle suivante, vous devrez activer 3 leviers pour lever la protection du noyau d'énergie situé au centre de la salle. Le premier interrupteur est en bas sur la gauche. Pour désactiver le second utilisez la combinaison de Robin et montez sur la corniche. Prenez le contrôle de Batman pour désactiver le 3ème en vous déplaçant grâce au grappin.

Malheureusement, Joker et Lex trouveront un nouveau moyen pour vous fausser compagnie.