Bataille de train
Vous devez éliminer six trains ennemis. Oubliez votre canon qui est inutile dans cette partie du jeu. Vous devez récolter les lumières qui se trouvent en chemin pour pourchasser vos ennemis et les détruire (à la manière de pac-man). Si vous n'avez pas cette lumière, c'est vous qui serez pris en chasse. Un seul choc avec le train ennemi vous sera fatal et vous obligera à recommencer dès le début. Evitez donc de vous approcher des trains ennemis par l'arrière ou par l'avant. Attendez qu'ils se rapprochent pour utiliser la lumière et les détruire.
Utilisez aussi les portails qui se trouvent sur les cotés de la carte pour surprendre vos ennemis. Surveillez leurs trajectoires pour avoir le temps de prendre la lumière avant de les attaquer.
Le train maléfique
Après l'élimination des six trains, leur chef entre en scène. Evitez les obstacles en chemin, soyez attentif à ce que vous dit Zelda et freinez quand elle vous prévient. Vous devez détruire les wagons avant de vous attaquer à la locomotive. Visez les barils avant qu'il ne les lance pour le premier wagon puis tirez sur le rayons-laser du second. Quand le boss tente d'entrer en collision avec vous, changez rapidement de voie pour l'éviter. Visez ensuite chacun de ses rayons-laser qui barrent la route pour pouvoir passer devant lui et atteindre finalement le visage du train qui deviendra alors votre cible principale. Tirez sur le nez du train sans relâche. Freinez lorsque cela s'avérera nécessaire afin de repasser derrière pour éviter ses manoeuvres. Répétez ces mêmes techniques plusieurs fois de suite pour venir à bout de ce boss.
Roi Démon et Kimado
Pour combattre ce démon vous devez travailler à deux. Zelda fera office de bouclier pour Link. Vous devez protéger ce dernier en le plaçant derrière Zelda. De cette façon, il sera à l'abri de rayons du boss. Ne laissez pas les souris s'approcher de Zelda sinon elle risque de s'affoler et attelez-vous à la tache d'éliminer ces petites bêtes avec Link. Si votre ennemi arrive à contrôler Zelda, allez derrière elle et coupez ses liens. Lancez-la ensuite à l'assaut du boss et pour qu'elle le distraie. Utilisez alors votre arc, chargez vos tirs et lancez vos flèches. Visez le corps de Zelda qui est sous le contrôle du démon. Réussissez votre attaque pour passer à l'affrontement suivant.
Le Roi Démon, 1er affrontement
Cette fois, c'est Link qui sera le garde du corps pour Zelda qui ne doit surtout pas être touchée dans cette phase de jeu. Repoussez les attaques du boss tout en restant proche de votre amie pour éviter qu'elle soit touchée. Quand l'ennemi vous lance plusieurs projectiles, utilisez les attaques tournoyantes pour les détruire. Restez vigilant et prêt à dévier les attaques qui arrivent par les flancs. Gardez votre ennemi en vue pour repérer la direction des attaques. Restez sur vos gardes et passez à l'affrontement suivant.
Le Roi Démon, 2ème affrontement
Il s'agit de l'affrontement final et vous devez utiliser la complicité qui existe entre Zelda et Link pour battre le démon. Commencez par mettre Zelda à l'abri du boss. Combattez ensuite en vous déplaçant dans les quatre coins de l'arène. Faites en sorte que le démon tourne le dos à Zelda et profitez de ce moment pour lancer votre attaque. Utilisez l'arc de Zelda pour viser et toucher le point faible du démon ; la marque bleue située sur son dos. Quand le démon s'effondre et se plie de douleur, foncez dessus avec Link et déclenchez vos plus puissants combos. Après un lapse de temps, le démon se redresse et repasse à l'attaque. Attirez-le avec Link pour permettre à Zelda de refaire la même chose et attaquez-le quand il est à terre à nouveau. Maintenez cette tactique jusqu'à l'élimination du Roi démon.
Félicitations ! Vous êtes venu à bout de The Legend of Zelda Spirit Tracks.