Au beau milieu des gratte-ciel de Tokyo, l'agent spécial Sonia entre dans la petite échoppe de Muramasa, le maître forgeron, et lui demande où trouver Ryu Hayabusa. Elle apporte de terribles nouvelles concernant l'avenir du monde et dit devoir s'entretenir avec ce dernier coûte que coûte. Alors que la nuit étend son voile de ténèbres, le clan de l'araignée noire sort des ombres et envahit les rues de la ville.

L'arme Bâton lunaire est à récupérer dans le chapitre 1.

Immédiatement après avoir vaincu le premier boss du chapitre, le Bouddha Géant (premier combat), deux grandes portes s'ouvrent sur le temple derrière vous. A l'intérieur, un point de sauvegarde, un coffre, mais aussi le Bâton lunaire tenu dans la main de l'armure de samouraï. Pour information, cette arme emblématique n'était disponible dans Ninja Gaiden que par contenu téléchargeable ; il est normal de la retrouver mise en valeur dès le début de cette suite des aventures de Ryu.

Deux crânes de cristal sont à récupérer dans le chapitre 1.

Au tout début du jeu, alors que vous devez sauter en contrebas pour affronter de nombreux ennemis, observer le petit toit en face de vous : vous apercevez un crâne de cristal. Pour le récupérer, sautez sur le petit toit à sa droite et avancez jusqu'à être suffisamment proche pour mettre la main dessus. Si vous tombez en bas malencontreusement, une échelle est là pour vous permettre de remonter et de tenter de nouveau votre chance.

Juste après la petite cinématique durant laquelle Ryu aperçoit pour la première fois le Bouddha Géant se lever et se déplacer, vous poursuivez votre chemin dans un petit escalier qui descend. Sur un balcon, un ennemi vous tire dessus à l'arc. Vous pouvez le tuer avec des shurikens, mais il en faut beaucoup pour en venir à bout. Observez l'arbre sur la droite et courez verticalement dessus pour rebondir sur la petite corniche. Elle vous permet d'accéder au balcon, de tuer l'archer, et de récupérer le crâne de cristal.

Premier boss du chapitre 1 : Bouddha Géant (partie 1)

Le Bouddha Géant est le tout premier boss de Ninja Gaiden Sigma 2 Plus. Il est figé et ne peut vous attaquer qu'avec ses mains. Il peut donner des coups de bras en écrasant le sol et bouger un bras latéralement pour empoigner Ryu et l'écraser ensuite. Il peut également faire sortir des geysers de lumière (qui infligent des dégâts) du sol, qui sont repérable au halo de lumière qui apparait avant l'attaque. Enfin, il peut faire apparaître un rayon laser depuis sa tête qui traverse le sol et enflamme le chemin défini. Ses points faibles sont ses mains : frappez-les entre chacune de ses attaques pour faire descendre sa jauge de vie. Une fois qu'une main est cassée, passez à l'autre. Une fois les deux mains hors d'usage, la tête du Bouddha tombera au sol et il vous suffira de porter un coup contre sa couronne pour lui infliger un coup de grâce cinématique.

Deuxième boss du chapitre 1 : Araignée Ninja

L'Araignée Ninja est un boss au début du jeu, mais deviendra un ennemi classique dans les derniers niveaux, puisqu'il faudra parfois en affronter deux à la fois ! Ses attaques sont des enchaînements de plusieurs coups durant lesquels elle se déplace légèrement. Veillez donc à toujours réaliser des esquives et à attendre qu'elle ait fini chaque enchaînement pour passer à l'attaque. L'Araignée peur également ouvrir les bras en grand : elle va empoigner Ryu, même si la garde est activée, pour lui infliger de lourds dégâts. Enfin, elle peut sauter très haut pour retomber violemment au sol, une attaque assez facile à éviter avec une esquive. Frappez l'ennemi après chacune de ses attaques sans commencer de trop gros enchaînements, car elle risque de reprendre la cadence sans attendre que vous puissiez rétablir votre garde. Pour finir, achevez-la avec un coup de grâce cinématique.

{{uppage}}Troisième boss du chapitre 1 : Bouddha Géant (partie 2)

Il s'agit d'un second combat contre le Bouddha Géant. Le combat est exactement le même que le précédent : Il est figé et ne peut vous attaquer qu'avec ses mains. Il peut donner des coups de bras en écrasant le sol et bouger un bras latéralement pour empoigner Ryu et l'écraser ensuite. Il peut également faire sortir des geysers de lumière (qui infligent des dégâts) du sol, qui sont repérable au halo de lumière qui apparait avant l'attaque. Enfin, il peut faire apparaître un rayon laser depuis sa tête qui traverse le sol et enflamme le chemin défini. Ses points faibles sont ses mains : frappez-les entre chacune de ses attaques pour faire descendre sa jauge de vie.

Une fois qu'une main est cassée, passez à l'autre. Une fois les deux mains hors d'usage, la tête du Bouddha tombera au sol et il vous suffira de porter un coup contre sa couronne pour lui infliger un coup de grâce cinématique.

Vous obtenez le trophée bronze : Tokyo, la ville du ciel