Juste après la cinématique d'introduction, vous prenez enfin le contrôle de Isaac. Commencez par vous familiariser avec le gameplay en suivant le tutorial. Allez ensuite dans le compartiment de gauche de la navette pour y récupérer un mini-kit de soins puis sortez du vaisseau. Une fois sur le corridor, et après que vos coéquipiers aient parlé, suivez-les jusqu'à un sas. Arrivé dans ce dernier, avancez vers la porte entourée d'une aura bleutée et ouvrez-la. Vous voici dans la salle d'embarquement, commencez par fouiller la pièce puis, à l'aide de votre traceur, dirigez-vous vers une nouvelle porte bleutée au bout de la pièce pour entrer dans un nouveau petit sas. Ensuite, avancez jusqu'à un écran de contrôle et appuyez dessus pour charger le rapport de dommages. Ceci fait, attendez un peu et après la cinématique, passez par la porte qui s'est ouverte, courez le long du couloir, ouvrez la porte de l'ascenseur qui se trouve au bout et engouffrez-vous à l'intérieur histoire d'échapper au monstre qui vous poursuit. Une fois en bas, sortez, avancez près du plan de travail ensanglanté se trouvant en face de vous et récupérez-y le cutter, votre première arme du jeu. Après vous être familiarisé avec son maniement, fouillez la pièce de fond en comble. Vous possédez désormais la capacité de pouvoir donner des coups de pieds alors n'hésitez pas à l'utiliser sur les grosses boîtes vertes qui se trouvent près de l'ascenseur.

Ceci étant fait, tournez-vous vers la porte de contrôle du tramway et tirez sur le panneau lumineux de droite à l'aide de votre cutter pour l'ouvrir. Une fois la porte passée, utilisez votre arme pour démembrer le monstre et récupérez ensuite les munitions qui se trouvent au sol (fouillez le monstre et le cadavre sur lequel il était penché). Avancez désormais le long du couloir, passez par une nouvelle porte et allez sur la gauche pour récupérer du crédit. Continuez ensuite de l'autre côté en récupérant le mini-kit de soins ainsi que la transmission audio, puis passez une nouvelle porte bleue pour vous retrouver dans le poste de contrôle du tramway. Après la transmission vidéo avec Kendra et Hammond, fouillez la pièce et passez par la porte se trouvant à gauche. Allez ensuite sur votre droite, ouvrez la porte se trouvant en face de vous et descendez le petit couloir. Après le discours d'Hammond et le mini-tutorial, passez par une nouvelle porte pour vous retrouver dans un immense Hall.

En premier lieu, regardez sur votre gauche pour trouver du crédit puis, avancez ensuite jusqu'à une porte bien trop dangereuse pour que vous y passiez tout de suite. Commencez par récupérer le contenu de la grosse boîte verte puis prenez ensuite le module de stase se trouvant à côté. Ceci étant fait, et après la transmission-tutorial, ciblez la porte et utilisez votre nouveau pouvoir pour la ralentir. Passez ensuite par cette dernière, montez et allez sur la droite pour récupérer du crédit au bout du couloir. En revenant, faites un détour par les toilettes histoire de récupérer de la vie et des munitions, puis, continuez encore un peu et ramassez le contenu d'une boîte verte sur un petit couloir à droite. Dirigez-vous ensuite vers la porte bleue pour entrer à l'intérieur d'un grand sas puis récupérez un point de force sur une borne collée au mur de droite.

Après cela, fouillez l'endroit de fond en comble et tuez les ennemis qui s'y trouvent. Pour dégager la voie, vous allez devoir utiliser les deux pinces. Commencez par activer celle qui se trouve près de l'entrée puis, allez actionner la deuxième et ralentissez-la à l'aide de votre stase (si vous n'en avez plus, une pompe à stase se trouve au milieu de la pièce). Courez ensuite vers le tableau de bord central et actionnez-le. Après la transmission vidéo de Kendra, tuez le monstre sur votre gauche, récupérez les munitions qu'il a laissées par terre et sortez de ce hangar. Retournez ensuite au couloir précédant le poste de contrôle du tramway en prenant bien soin de ralentir de nouveau la porte figée précédemment et en tuant les quelques ennemis vous barrant le chemin (si jamais ces derniers sont trop rapides à votre goût, n'hésitez pas à les ralentir à l'aide de votre stase).

Arrivé à destination ne retournez pas tout de suite au poste de contrôle mais avancez plutôt le long du couloir. Après avoir tué le monstre s'y trouvant et avoir récupéré les items et la transmission audio disséminés dans le couloir, continuez jusqu'à un ascenseur. Entrez-y, appuyez sur le bouton et écoutez le discours de Kendra. A la fin de ce dernier sortez, tuez tous les monstres de cette salle et récupérez tous les objets qui s'y trouvent. Dirigez-vous vers l'ascenseur se trouvant en bas (utilisez votre traceur si vous n'arrivez pas à le trouver) pour monter à l'étage.

{{uppage}}Une fois en haut, tuez le monstre devant vous et récupérez les items de chaque coté de l'ascenseur. Avancez ensuite le long de la passerelle, abattez la créature et une fois au bout, récupérez de l'énergie plasma, un message vidéo et la clé de l'entrepôt. Revenez vers l'ascenseur en tuant le monstre se trouvant sur votre chemin, puis descendez à l'étage inférieur. Une fois en bas, tuez le monstre qui s'y trouve et à l'aide de votre traceur rejoignez la porte des bureaux. Ouvrez ensuite cette dernière grâce à la clé que vous venez de trouver, et une fois à l'intérieur fouillez cette pièce pour y dénicher un point de force, un kit de soins moyen et le disque dur.

Vous pouvez maintenant, si vous le voulez, utiliser le plan qui va vous servir à améliorer votre équipement, pensez toutefois à garder au minimum un point de force car certaines pièces contenant des items ne s'ouvrent que par l'aide des points de force. Ceci étant fait, sortez et après avoir vu la transmission vidéo de Kendra, revenez à la salle de contrôle des tramways en abattant les créatures vous barrant le chemin. Arrivé dans la salle de contrôle, sauvegardez puis utilisez le disque dur sur le panneau de contrôle au fond de la pièce. Ensuite appuyez sur l'écran au milieu de la pièce pour appeler le tram. Après le message vidéo de vos coéquipiers sortez de la salle de contrôle par la porte par laquelle vous étiez entré la première fois puis, en pensant toujours à abattre les ennemis que vous pourrez croiser, utilisez votre traceur pour revenir dans la salle d'embarquement.

Arrivé dans cette dernière, récupérez le contenu des grosses boîtes vertes et retournez au hangar, là où est entreposée votre navette. Une fois le monstre se trouvant sur le corridor tué, entrez dans votre vaisseau et allez appuyer sur l'écran de contrôle. Ceci étant fait, sortez rapidement et, après la séquence narrative, abattez tous les ennemis au dehors. Après une nouvelle transmission vidéo de Kendra et d'Hammond, retournez à la salle d'embarquement et passez la grande porte de gauche. Avancez ensuite dans le couloir, regardez ce que contiennent les petites caisses posées sur le sol puis empruntez le couloir de droite pour arriver dans les toilettes. Fouillez ces dernières pour trouver un kit de soins max puis sortez et dirigez-vous vers l'ascenseur. Une fois en haut, et après un nouveau tutorial, libre à vous d'acheter, de vendre, ou d'entreposer des objets au stock. Vous pouvez également utiliser un plan si vous voulez upgrader votre combinaison ou vos armes. Ceci étant fait, entrez dans le tramway et appuyez sur son écran de contrôle pour aller à l'infirmerie.