Un an est passé, et vous êtes devenu capitaine. Après avoir reçu le message de Salvador, rentrez à l'intérieur et descendez l'échelle. Marchez vers les morts (vraiment morts). Glottis vous sauve. Vous vous retrouvez enfermé dans la salle des machines. Levez l'ancre droite en appuyant sur le bouton rouge à droite, puis prenez les manettes et dirigez le bateau vers la gauche (en appuyant sur la flèche de droite). Descendez l'ancre droite, puis levez-la. Utilisez la faux dessus lorsque vous êtes près du hublot. Levez l'ancre gauche et avec les manettes, faites reculer le navire (en appuyant sur la flèche bas). Vous vous retrouvez dans la mer. Avancez un peu vers le noir pour que Glottis vous arrête. Attendez un peu et Chépito devrait apparaître. Parlez-lui. Puis dès que vous avez fini de lui parler, chopez-le et tournez-vous vers Glottis pour que celui-ci le porte. Vous partez ainsi pour la Perle. Marchez vers le rocher vers la droite. Faites le tour du rocher en vous collant le plus possible à lui. Chépito, qui vous suit, se fait aggriper par les bernacles du rocher.
Un petit voyage vous amène devant un bâtiment. Laissez Glottis et rentrez à l'intérieur. En sortant de l'ascenseur, avancez tout droit, traversez le petit bureau et vous trouverez... Méché. Après la disparition de Glottis, vous vous retrouvez dans une pièce avec deux anges dans une cage. Retournez voir Méché, qui travaille dans le petit bureau. Parlez-lui, elle vous répondra qu'elle veut un pistolet. Utilisez le cendrier en fumant une cigarette de façon à ce que Méché fasse tomber un peu de cigarettes sur ses bas, qui se retrouveront vite à la poubelle. Emportez-les. Trouvez Chépito en ressortant du bâtiment puis en vous dirigeant vers la gauche. Echangez les bas contre un pistolet. Rapportez-le à Méché. Domino l'enferme dans une chambre forte. Parlez aux deux anges (de Méché, puis de l'aide que vous pouvez leur donner ) et dîtes-leur que vous avez des mains trop grandes pour qu'ils vous lancent un piolet. Chépito vous l'échange contre un burin. Utilisez-le sur la porte de la chambre forte. Vous dévoilez ainsi les mécanismes de la serrure : il s'agit de quatre cylindres avec une partie aplatie. Il faut les faire pivoter de manière à ce que les quatre parties plates des cylindres se retrouvent à droite, bien alignées. Pour cela, tournez la roue à gauche, jusqu'à ce que le cylindre le plus haut soit en place. Tournez ensuite dans l'autre sens, jusqu'à ce que la deuxième partie en partant du haut soit en place. Faites de même pour les deux dernières parties.
Une fois les quatre cylindres bien en place, lâchez la roue (en reculant) et utilisez votre faux sur la fente créée par votre manipulation. Utilisez la poignée pour ouvrir la porte. Entrez dans la salle et fermez la porte. Utilisez votre faux sur les fils jaunes au dessus de la porte pour qu'une nouvelle porte s'ouvre. Entrez dans la nouvelle pièce et actionnez avec votre faux le système anti-incendies (les tuyaux qui sont en cercle au plafond) : L'eau coule. Fermez la vanne pour arrêter l'eau. L'eau disparaît alors par un endroit précis du sol. Tirez la grosse hache de la salle précédente et faîtes-la tomber sur le carreau par où l'eau s'est échappée. Un trou apparaît et vous pouvez vous enfuir. Vous avez maintenant besoin d'un bateau pour quitter cette île. Montez dans la grue géante au bout de la plage. Baissez la chaîne de la grue et revenez sur la plage. Enlevez la pince avec le burin. Remontez sur la grue et allez de l'autre coté de l'île. Faites glisser la chaîne et quittez la grue. Suivez la chaîne. Descendez (à reculon) jusqu'à rencontrer Glottis. Remontez et actionnez le levier à gauche du tapis roulant pour faire descendre la chaîne. Actionnez le levier deux autres fois. La chaîne a du s'enrouler autour de l'ancre du Lamancha. Revenez sur la grue et remontez la chaîne...; et le bateau. De retour sur la plage, allez de nouveau dans la grue et faite descendre la chaîne... Glottis peut donc finir le bateau et vous pouvez partir... Lorsque Domino vous attaque, plantez votre faux dans l'oeil de la pieuvre.