Il est possible de trouver, dans chaque niveau, un crâne qui offre un bonus variable une fois activé dans le menu pause. Mission par mission, voici leur emplacement ainsi que leurs conditions d'apparition :

1-Alpha Base : Tuez 100 Grunts pour faire apparaître le crane à l'est de l'entrée de la Alpha Base.

2-Relic Approach : Tuez 20 Jackals pour faire apparaître le crane en bas de votre base.

3-Relic Interior : Tuez 45 Hunters pour faire apparaître le crane à l'endroit où vous sauvez Anders et les Marines.

4-Arcadia City : Tuez 50 Elites pour faire apparaître le crane au sud de la base Covenant, sur le côté est de la carte.

5-Arcadia Outskirts : Tuez 5 Wraiths pour faire apparaître le crane sur la portion d'autoroute la plus au nord, à l'ouest de la cart.

6-Dome of Light : Tuez 50 Banshees pour faire apparaître le crane sur la petite plateforme ou vous enfermez le troisième Rhino.

7-Scarab : Tuez 10 Locusts pour faire apparaître le crane à côté du Power Node situé le plus au Nord ouest.

8-Anders' Signal : Tuez 750 Infections Forms pour faire apparaître le crane au nord de l'endroit où vous installez votre base.

9-The Flood : Tuez 20 Flood Stalks pour faire apparaître le crane à l'est de votre base, à côté du Pelican.

10-Shield World : Tuez 350 Swarms pour faire apparaître le crane sur la petite île, au niveau du pylône sud.

11-Cleansing : Tuez 100 Sentinels pour faire apparaître le crane à l'arrière du vaisseau, à l'endroit ou commence le bouclier nettoyant.

12-Repairs : Tuez 12 Transports pour faire apparaître le crane à côté de l'arrière du vaisseau, juste au dessus des deux emplacements vides (ceux qui nécessitent une unité d'air).

13-Beachhead : Tuez 10 Bomber Forms pour faire apparaître le crane dans la petite vallée située à l'ouest de l'endroit ou vous commencez le niveau.

14-Reactor : Tuez 20 Vampires pour faire apparaître le crane en bas de la troisième rampe, entre la deuxième base Covenant et la paroi rocheuse.

15-Escape : Tuez 3 Scarab pour faire apparaître le crane au milieu de la partie nord de la carte, au milieu de The Flood.