MODE Versus et Missions Extra
Terminez le jeu sous n'importe quel niveau de difficulté pour débloquer ces deux nouveaux modes.
Jouer avec Jehuty Ver.2, Damaged Jehuty et Naked Jehuty
Terminez le jeu puis sauvegardez. Chargez votre partie et vous pourrez choisir entre les différentes versions de ces personnages.
Mini-jeu Zoradius
Dans le mode Boss Battle, battez-vous contre Vic Viper. Pendant le combat contre Leo, mettez la pause et appuyez sur Haut, Haut, Bas, Bas, Gauche, Droite, Gauche, Droite, L1, R1. vous entendrez un son pour confirmer que la manipulation a bien fonctionné et vous pourrez alors profiter du mini-jeu Zoradius dans le menu Extra Missions.
Tous les powers-up dans le mini-jeu Zoradius
Commencez une partie de Zoradius puis appuyez sur Start pour mettre le jeu en pause. Faites ensuite Haut, Haut, Bas, Bas, Gauche, Droite, Gauche, Droite, L1 et R1. Un son confirmera l'entrée du code.
Jouer avec Aumaan Anubis en mode versus
Après avoir terminé le jeu une première fois, recommencez une partie avec toutes les armes secondaires et continuez jusqu'à battre Vic Viper. Vous verrez une porte fermée à déverrouiller. Prenez à gauche jusqu'au croisement puis encore à gauche vers le Metatron posté devant le mur de pierres. A l'aide du Vector Canon, détruisez le mur et engouffrez-vous dans le passage. Vous aurez alors à vous battre contre Anubis. Si vous sortez vainqueur de l'affrontement, vous débloquerez Aumaan Anubis en mode Versus.