Tous les combats de boss se déroulent de la même façon dans Maestro! Jump in Music. Le jeu vous montre une séquence musicale et vous devez la reproduire à votre tour en respectant les notes et le tempo. En cas d'erreur, votre jauge diminue, conduisant ainsi au game over. Pour rendre ces affrontements plus simples, vous pouvez essayer de gagner du temps en reproduisant la séquence en même temps qu'on vous la montre à l'écran. En cas d'échec, vous ne serez pas pénalisé, et si vous réussissez, vous passerez directement à la séquence de notes suivante.