Le combat se déroulera comme le premier au Pays des Nuages, à quelques différences près. En effet, Bowser se protégera cette fois tout le temps des coups de poings que vous lui administrerez avec son chapeau, vous obligeant à esquiver sa queue une fois, deux fois, puis enfin quatre fois à mesure que vous l'aurez blessé. Bowser peut également cracher du feu à présent, une attaque qui ne peut être esquivée que si vous vous postez aux extrémités de l'arène et sautez au bon moment au dessus des flammes.