En montant dans le Vertiptère qui vous emmène à Mass Fusion, vous deviendrez un ennemi juré de l'Institut et ne pourrez plus mener aucune quête pour eux.

Après avoir embarqué, préparez-vous à en découdre avec de nombreux synthétiques sur le toit du bâtiment de Mass Fusion : ne lésinez pas sur l'usage de la gatling de l'appareil pour commencer le nettoyage, montez à l'étage après l'avoir achevé pour récupérer le mot de passe dans le bureau face à l'emblème de la firme et allez l'utiliser sur le terminal indiqué au fond à gauche. En lisant le premier document, vous apprendrez ainsi la localisation exacte de l'agitateur que vous recherchez. Empruntez donc l'ascenseur pour traverser le bâtiment dans la hauteur, Utilisez une arme de moyenne à longue distance pour éliminer les ennemis qui vous canardent depuis les couloirs en face et une fois à l'arrêt, allez pirater le terminal dans la pièce adjacente pour gérer l'alimentation de l'ascenseur et le remettre en état de marche.

Cette option vous permet d'atteindre plus vite le niveau du réacteur, mais il n'y a qu'en descendant « manuellement », en vous laissant tomber dans les trous d'étage en étage, que vous aurez l'occasion de récupérer la figurine Vault-Tech qui se trouve sur la tête de la statue, en face de l'ascenseur, accessible en sautant sur le rebord. Une fois au rez-de-chaussée, empruntez un nouvel ascenseur plus modeste pour atteindre le réacteur, récupérer une combinaison hazmat dans le vestiaire à gauche et passez le couloir de décontamination en appuyant sur le bouton pour aller chercher l'agitateur sans encaisser trop de radiations.

Préparez-vous ensuite à en découdre sérieusement en ressortant du cœur du réacteur : la sécurité robotisée a en effet été activée et en plus des tourelles sur les murs, il vous faudra composer avec un Protectron, une Sentinelle ainsi que deux robots d'assauts qui arriveront dans un second temps, après la destruction de la Sentinelle. Ne lésinez donc pas sur l'usage de vos mines, grenades et armes lourdes pour l'emporter, donnez ou non un coup de main aux chevaliers dans le hall pour éliminer les synthétiques et allez apporter l'agitateur à Ingram.