Explorez selon votre bon vouloir les rares zones qui vous sont pour le moment accessibles (sans oublier de charger l'holobande d'analyse réseau que vous a sûrement confié l'une ou l'autre des factions qui a pu vous aider à construire votre téléporteur dans le terminal à l'entrée), empruntez l'ascenseur, déambulez dans un couloir vide et empruntez un nouvel élévateur plus privatif qui vous mène droit à votre enfant, Shaun...

Après avoir parlé à ce dernier, Père fait son entrée en scène, prenant littéralement la place de Shaun, et commence à vous expliquer le pourquoi du comment, vous invitant ultimement à aller parler aux grands pontes de l'Institut pour décider de votre prochaine action envers le groupe. Familiarisez-vous avec les lieux, un peu tortueux de prime abord, en prenant bien compte de la verticalité des installations, et récupérez un maximum d'objets disséminés un peu partout. Les équipements de l'Institut étant les plus avancés de tout le Commonwealth, vous pourrez en effet en tirer beaucoup de matériaux rares et précieux !

Pour pouvoir aider Virgil, il vous faudra également accéder au laboratoire FEV : pour ce faire, rendez-vous dans la partie sciences biologiques et piratez le terminal Maître au fond derrière la paroi pour désactiver les lasers bleus (vous pouvez également y accéder en allant au fond de l'allée directement à droite en entrant et traverser une partie abandonnée de l'Institut, peuplée par des tourelles et un robot d'assaut). Vous trouverez ainsi le sérum expérimental demandé par Virgil dans la machine juste à gauche.

Une fois votre tour du personnel terminé, retournez voir Père pour conclure et prendre votre décision. Sachez toutefois que vous pouvez jouer un double jeu si vous le voulez et aider pendant un temps l'Institut sans répercussion sur les autres factions : le point de non retour est en effet encore loin.