Après avoir « retrouvé » Barbara Gordon et avoir rejoint abruptement le niveau du sol, appelez la Batmobile en renfort avec la télécommande pour mener un large pugilat mécanique contre la pelletée de drones qui vous assaille, ne lésinez pas sur le piratage et le tir multi-missiles lorsqu'ils sont disponibles, puis menez Barbare au GCPD pour la mettre en lieu sûr et pouvoir profiter de son appui tactique. En ressortant, mettez le cap sur la tour de l'horloge, dont les serveurs sont assaillis par les mercenaires, arrivez sur zone depuis le ciel de préférence pour localiser et supprimer les deux snipers qui surveillent la zone en premier lieu, puis faites ce que vous savez faire de mieux, à savoir neutraliser deux douzaines de soldats en usant de vos gadgets et de votre furtivité.
Allez ensuite interagir avec la console pour remettre le tout en marche, retournez auprès de Barbara dans son bureau au GCPD et regagnez l'entrée pour accueillir chaudement le régiment de soldats qui s'est infiltré dans le parking. Ne lésinez pas sur l'emploi du fusil électrique pour neutraliser les matraques et pouvoir tabasser à tout va, prenez garde aux ennemis à bouclier, utilisez le treuil de la Batmobile sur le ventilateur en hauteur après le pugilat pour le détruire et libérer un passage, puis arpentez les conduits de ventilations jusqu'à rejoindre le toit du GCPD à l'extérieur, où vous constaterez l'étendue du siège. Allez vous enquérir de l'état du générateur sur le toit à gauche, un tantinet malmené, piratez le drone volant qui patrouille devant l'entrée du parking pour l'aveugler et glissez-vous à l'intérieur.
Allez donner une correction aux mercenaires qui vont attendent en bas, chargez les trois générateurs sur la droite avec votre fusil électrique et remontez à la surface dans votre tank avec l'appui de Barbara : la hackeuse professionnelle vous indiquera en effet des cibles à atteindre en priorité qui déclencheront des EMP, neutralisant tous les autres drones proches du même coup pendant quelques secondes. Le travail au sol terminé, rejoignez les toits du commissariat où deux nouvelles vagues de soldats débarquent (pas des moindres, puisque des médecins seront adjoints à des brutes équipées de gants électrifiés, en plus d'ennemis équipés de bouclier). Ceci mettant enfin un terme au siège du GCPD, envolez-vous pour les studios Panessa et ramassez le Coup de givre, posé négligemment juste à gauche de la cellule taguée en noir.
Après avoir reçu la communication de l’Épouvantail, rejoignez l'entrepôt désigné par ce dernier à Kingston pour y déposer votre ceinturon et vous livrer dans la camionnette, puis après l'accident allez rendre un hommage aux parents de Bruce, qui apparaissent au sol dans la ruelle après quelques instants. Rejouez ensuite la fameuse scène de combat de Matrix Reloaded contre un afflux ininterrompu de Jokers en utilisant les combinaisons d'élimination qui vous sont proposées, « tuez » le Joker pour franchir la ligne et après la scène vous menant sur le territoire de Crane et prenez votre pied dans la peau du Joker en défouraillant à tout cas dans sa Jokermobile. Pour finir le travail, traquez ensuite Pingouin, Double-Face et Nigma dans les couloirs en les abattant au fusil à pompe (ainsi que le malheureux otage), admirez le chaos à l'extérieur, puis frayez-vous un chemin dans les catacombes.
Détruisez les chaises qui vous bloquent la route ainsi que les statues à l'effigie de Batman qui apparaissent sans discontinuer dans la cour et, une fois de retour dans la peau de la chauve-souri, remettez le Joker en cage une bonne fois pour toute pour enfin observer le premier épilogue du jeu. Pourquoi le premier ? Car pour avoir le second et dernier épilogue, il vous faudra déclencher le protocole Knighfall après avoir mis sous les verrous un minimum de super-vilains, mais attention ! Pour obtenir la vraie fin, il faudra vous occuper de tous les super-vilains et missions annexes, ce qui inclue la collecte de tous les Trophées de Nigma, avant de déclencher le protocole !
