Une fois rendu à l'objectif désigné après être ressorti des Studios Panessa, préparez-vous à un large pugilat en Batmobile contre des unités blindées, attirées par Poison Ivy qui n'a pas pu se retenir en voyant passer ces monstruosités de métal. Faites bon usage du piratage et du tir multi-missiles, puis passez en mode petite souri en vous faufilant entre les buildings pour échapper aux Cobras qui se mettent à patrouiller dans les rues. Ajustez vos tirs pour les détruire un par un, rejoignez Ivy sur le toit, puis envolez-vous au dessus des toits après que l'apocalypse bactériologique se soit abattue sur Gotham.
Votre prochaine destination : les dirigeables Stagg, où il vous faudra récupérer une cellule d'énergie pour refaire fonctionner la Batmobile. Planez jusqu'à l'ouverture à l'avant du dirigeable qui abritait auparavant le Déluge, mettez une correction aux soldats qui vous attendent là en cognant en priorité les soldats blancs qui peuvent se montrer très gênants, exécutez un combo étourdissement+saut sur le soldat lourd équipé d'un bouclier et le calme revenu, utilisez le synthétiseur vocal pour reproduire la voix de Stagg comme sur l'image ci-dessous. Utilisez-la pour ouvrir la porte et rejoindre le laboratoire, où vous attend un nouveau régiment de soldats, piratez les commandes des pilotes de drone pour retourner ces derniers à votre avantage, puis inspectez la cage dans laquelle vous aviez laissé Stagg lors de votre dernier passage.
En mode Détection, remontez sa piste en suivant ses traces de doigts, qui vous mène au bout d'une coursive au rez-de-chaussée où le pleutre se cache sous une trappe, récupérez la cellule d'énergie Nimbus et rebroussez chemin pour vous envoler vers un toit, proche de votre Batmobile en perdition dans la rue en contrebas. Lancez-vous dans le brouillard d'agent pathogène pour placer avec précaution le Nimbus dans votre tank personnel avant de devenir complètement fou, prenez la route vers Founder's Island et utilisez votre sonar pour remonter la piste de la seconde plante antique localisée par Ivy.
Une fois entré dans la zone industrielle, préparez-vous à jouer du canon pour démanteler les drones et le lance-missiles qui vous y attendent, élancez-vous sur la rampe vers le centre isolé de la zone pour provoquer un nouveau groupe de tanks ennemis et tirez sur la porte indiquée avec le treuil pour débloquer l'accès à un élévateur. Chargez ce dernier avec le treuil électrique pour pouvoir descendre, conduisez dans les tunnels en activant le booster lorsqu'il vous faut rouler sur les murs et le plafond pour passer au dessus et obstacles, puis dans le cul-de-sac sortez de votre véhicule pour passer dans le conduit au sol.
Utilisez alors votre dispositif de piratage pour neutraliser temporairement les tanks qui vous barrent la route en restant à couvert sur les côtés (gare au tank qui se cache sur la droite), prenez de la hauteur au fond en grimpant sur les poutres en acier et faufilez-vous dans le bureau pour ouvrir la porte de sécurité. En contrôlant la Batmobile, détruisez alors les tanks qui vous ont fait du souci, allez ouvrir manuellement la porte suivante à droite pour pouvoir avancer, actionnez deux fois la manette suivante au niveau supérieur pour débloquer la rampe et la verrouiller à nouveau et faites s'élancer la Batmobile dessus pour l'amener à votre niveau.
Dans le tunnel suivant, prenez votre élan en déviant légèrement d'un côté ou de l'autre avant de déclencher le boost pour pouvoir passer au dessus de l'obstacle en roulant au plafond, ressortez du véhicule pour franchir le gouffre qui suit et débloquez la nouvelle rampe en actionnant la manette, déplacez à distance la Batmobile de façon à faire pencher la rampe du bon côté en laissant votre véhicule contre contre-poids, puis actionnez à nouveau la manette pour bloquer la rampe et pouvoir amener la Batmobile de votre côté. Notez également qu'un Trophée se cache sur le toit de la cabine. Avancez dans les tunnels en montant l'escalator au fond, allez chercher un autre Trophée au bout de la passerelle métallique en hauteur et détruisez les portes en bois pour aller fouiner dans les cavernes naturelles.
Vous y trouverez en effet pas moins de trois Trophées, un par ouverture : l'un tout en haut de la structure métallique à droite, l'autre sur le rebord surélevé à gauche et le dernier en hauteur près d'un rebord barré par plusieurs barrières de danger. Votre petit tour terminé, utilisez une charge sonique à pleine puissance dans l'ouverture du milieu pour faire jaillir la seconde plante antique et retourner automatiquement à la surface, où vous êtes chaudement accueilli par un large contingent de blindés en tout genre (y compris de petits drones volants dont il faudra bien surveiller les tirs). Une fois ce dernier réduit en pièces détachées, vous êtes contacté par le Chevalier d'Arkham, qui vous donne rendez-vous sur Bleak Island.
Allez relever son défi en commençant par méticuleusement éliminer tous les chars Cobra qui patrouillent en compagnie du Déluge, un char encore mieux protégé et plus puissant : évitez tout contact avec lui sous peine de vite finir en boîte de conserve inerte, le bougre disposant de systèmes d'armement extrêmement puissants, et évitez soigneusement son radar, qui pivote constamment à 360 degrés peu importe la direction qu'il prend (contrairement aux Cobras qui ne scannent que devant eux). Une fois seul à seul avec le Déluge, vous devrez le faire surchauffer en visant quatre points sensibles devant, derrière et sur les côtés de l'engin : anticipez bien le temps que vous avez avant que le radar ne revienne sur vous afin d'avoir assez de temps pour verrouiller et tirer, puis fuyez quoi qu'il en soit en pilotant au mieux et en prenant des virages aussi serrés que possible pour semer votre poursuivant, plutôt rapide lorsqu'il vous a repéré mais qui finira par surchauffer.
Une fois que les quatre points sensibles auront été touchés, le système d'armement principal du Déluge est hors-service : à portée de corps-à-corps avec votre tank, tirez alors sur la partie circulaire jaune à l'avant du blindé ennemi tout en esquivant ses coups de mortier et en interceptant à la mitrailleuse les missiles qu'il vous envoie et répétez vos coups de canon sur ce dernier point sensible jusqu'à la destruction du Déluge. Après la scène, retournez auprès d'Ivy à l'espace botanique pour assister à la disparition du gaz toxique de l’Épouvantail.
