Retournez au GCPD pour extirper Poison Ivy de sa cellule et ainsi former une alliance de circonstance, puis sortez à pied du parking pour aller inspecter ce nouveau type de tank Cobra qui menace le commissariat. En restant perché en hauteur, scannez les côtés et l'arrière de la machine de guerre avant de retourner à la Batmobile, puis prenez le Cobra en chasse. Pour détruire ces engins, vous devrez adopter une attitude furtive en les suivant de près pour verrouiller leur point faible à l'arrière, donc ne foncez pas dans le tas ! Le cas du drone réglé, allez vous équiper de l'amélioration choisie plus tôt dans le dirigeable, rendez-vous sur Miagani Island et mettez les trois nouveaux Cobras à l'état de pièces détachées en faisant attention à ne pas vous retrouver pris entre deux feux.
Après avoir déposé Ivy au jardin botanique, repartez en Batmobile vers le parking de la Tour Wayne, à l'intérieur duquel une embuscade en règle vous attend, mettez à profit le piratage de drone et le barrage de missiles pour démanteler plus vite les tanks ennemis et récupérez l'amélioration de Sonar pour pouvoir commencer vos recherches de racines antiques. Glissez-vous pour cela dans l'ouverture pratiquée par les drones pour rejoindre la route, débarrassez-vous des drones tout en lançant des coups de sonar pour localiser les racines et remontez-en la piste jusqu'à vous placez au dessus du point lumineux, coincé entre de petits bâtiments.
Lancez alors une secousse sonique chargée pour faire jaillir la plante de terre, allez régler leur compte aux soldats qui s'en prennent aux végétaux (attention au soldat blanc, qui peut électrifier temporairement ses comparse désormais) et rendez-vous aux Studios Panessa, où vous attend votre laboratoire secret observé plus tôt lors d'un flashback. Interagissez avec l'ordinateur au centre pour étudier un plan d'approche de Founder's Island, défendue par des lance-missiles, retournez à la surface et rendez-vous « à pied » (comprendre par là, en planant telle la chauve-souri que vous êtes) sur l'île en question. Votre objectif : atterrir en douceur sur le drone volant indiqué pour pouvoir le bidouiller et en extraire un composant.
Vous êtes à présent capable de brouiller momentanément les drones volants avec votre gadget de piratage : inaugurez cette fonction sur le drone non loin pour pouvoir détruire la première antenne au gel explosif, rejoignez le toit suivant pour mettre une raclée au groupe de soldats hétéroclite qui y surveille la seconde antenne, trafiquez le boîtier électrique non loin et descendez au niveau inférieur avec votre outil de piratage en main pour aveugler l'une des tourelles et pouvoir passer dans leur dos pour les détruire. Réservez le même sort à l'antenne, puis prenez votre envol direction le lance-missiles si cher au cœur de ce bon Chevalier d'Arkham.
Le bâtiment à ciel ouvert est bien défendu et dispose de plusieurs niveaux : préparez donc le terrain en brouillant les armes des soldats qui pourraient vous poser problème, déclenchez au bon moment une série d'éliminations par Intimidation, puis approchez-vous de l'engin à détruire, qui dispose d'un blindage trop épais pour vos explosifs. Allez donc pianoter sur le terminal dans la salle de contrôle pour abaisser les défenses, traversez le pont avec la Batmobile en usant de la télécommande, et entreprenez patiemment l'élimination méticuleuse des tanks Cobra qui s'invitent à la fête. Pour mettre la Batmobile en place, vous devez ensuite utiliser le treuil sur l'attache, au dessus de la rampe indiquée, afin de relever cette dernière, mais vous êtes interrompu par le Chevalier qui fait irruption dans la salle de contrôle.
Mettez KO ses soldats en entamant les hostilités par une multi-élimination, reprenez le contrôle du terminal, faites le grand saut avec la Batmobile et tout en esquivant et interceptant les missiles de l'engin adverse, enchaînez les coups de canon sur ses appendices puis sur la partie centrale pour le détruire. Rendez-vous ensuite à la tour de l'horloge pour superviser la recherche du Déluge par la Batwing et vous voir interrompu par Harley Quinn, qui semble déterminée à vous mettre des bâtons dans les roues.
