Comme il est le cas dans l'océan Pacifique, la météo dans Stranded Deep peut changer en un clin d'œil. Les changements de météo peuvent être particulièrement mortelles et vous désorienter lors de virées sur l'océan.

La plupart des jours sont ensoleillés, mais des épisodes pluvieux ne sont pas rares. La pluie provoque une perte de repères, et la plupart des îles lointaines sont ainsi rendues invisibles.

Vous pourrez également rencontrer du brouillard, mais il est plus rare que la pluie. Le brouillard est très similaire à la pluie et va grandement nuire à votre capacité à voir et à naviguer, mais il donne une atmosphère beaucoup plus calme et parfois mystérieuse.

Les intempéries peuvent être particulièrement gênantes la nuit, mais heureusement, elles ne durent jamais très longtemps. En cas de doute, rester sur votre île et tenez-vous bien au chaud à coté de votre feu.