Rétrospective :

Deux factions se font la guerre, la Confrérie des Assassins, qui prônent le libre-arbitre et l'Ordre des Templiers, qui eux veulent la paix dans un monde contrôlé de façon totalitaire.

Les hauts placés de ses factions gardent un secret, l'existence d'une espèce dirigeant les humains, la Première Civilisation, dont l'extinction est venue après un cataclysme connu sous le nom de Catastrophe. Ils avaient une avancée technologique qui leur permettait de contrôler l'espèce humaine. L'Homme a réussi à survivre à la Catastrophe.

Depuis la conception des 2 factions, les templiers ont toujours recherché cette technologie, portant le nom de pommes ou Fragment d'Eden, pour contrôler totalement les hommes. Ce qui fait que c'est un des principaux enjeux de la guerre Assassins et Templiers.

Aujourd'hui les Templiers sont sous couvert d'une entreprise multinationale Abstergo Industries conglomérat se focalisant sur plusieurs recherches technologiques.

L'Animus ou la recherche d'artefacts sont des dossiers sensibles gardés secrets. Cette Animus est une technologie qui permet d'enregistrer et de décoder la mémoire génétique.

Les premières versions de cette techonologie (Assassin's Creed et Assassin's Creed 2) permettaient de décoder les mémoires des ancêtres du testeur et permettaient de les revivre grâce à un système de réalité virtuelle. Elle permet aux Templiers de retrouver certains fragments d'Eden par rapport aux mémoires enregistrées.

Aujourd'hui Abstergo utilise une nouvelle version qui permet à n'importe quel utilisateur, de vivre les mémoires génétiques d'autres personnes. Les Templiers distribuent cette technologie sous forme de divertissement au grand public.

Helix est le projet de commercialisation de cette technologie. Les assassins courcircuitent les informations.

Depuis de nombreux siècles les 2 factions se livrent une bataille sur la question du libre arbitre, mais une troisième force les manipule.

Junon chercheuse de l'espèce disparut de la première civilisation a transférait sa conscience dans les réseaux mondiaux de communication, qui a pour but de ressusciter son espèce. A l'époque de la Catastrophe, ils ont voulu survivre en croisant leur espèce avec celle de l'homme. une des expériences qu'a mené Junon est d'implanter l'ADN de son mari, Aita, dans le génôme humain. Cette ADN refait surface lors de la conception d'un enfant ce qui lui permet de se réincaner. Dans l'histoire, il fut souvent appelé "Sage" (Assassin's Creed : Black Flag), à la fin de l'opus précédent, nous apprenons que John, employé d'Abstergo était un sage infiltré dans cette compagnie. Cette 3ème force donne naissance à une 3ème faction les Instruments de la volonté Première. Un manifeste circule chez les Templiers.

C'est dans cette situation que Assassin's Creed Unity commence ....