L'histoire commence dans l’espace alors que Anakine et Obi Wan se lancent à la poursuite de Grievous qui a kidnappé Palpatine. Vous débarquez sur le vaisseau et allez devoir avancer dans celui-ci jusqu'à la salle de contrôle où est retenu le chancelier. Après quelques mètres, une barrière laser vous barre la route. Utilisez simplement la force pour enlever la batterie de son socle derrière et continuez.

Un peu plus loin, une deuxième barrière vous empêche d’avancer et vous ne pouvez pas la désactiver. Prenez simplement le chemin sur la gauche et découpez ensuite la porte qui se dresse face à vous. Une troisième et dernière barrière laser vous bloquera alors le chemin. Cassez le casier qui se trouve à votre droite, vous aurez alors accès à la batterie de la barrière qu’il vous suffira d'enlever avec la force. Une fois que c’est fait, précipitez-vous dans la salle de commande et vous verrez Palpatine attaché.

C’est alors Dooku qui fait son apparition et comme à la fin de l'épisode 2 vous allez devoir vous battre contre lui. D'ailleurs, les techniques qu’il utilise n'ont pas changé à savoir un dash et une attaque d'écrasement. Une fois que vous avez réussi à mettre sa barre de vie à zéro une première fois, il invoque un groupe de droïdes d’élite. Une fois battus, vous affronterez de nouveau Dooku à deux reprises supplémentaires selon le même modèle.

À la fin de la troisième phase, vous remportez le combat et Anakin tue Dooku. Vous pouvez alors libérer Palpatine et c’est à ce moment-là que Grievous fait son apparition. En vous apercevant, il s'enfuit en détruisant le vaisseau au passage. Heureusement, Anakin prend le contrôle du vaisseau et arrive à le poser sans trop de soucis.

Dans la cinématique qui suit, Padmé annonce sa grossesse à Anakin, mais ils sont interrompus par Obi Wan qui indique à Anakin que leur présence est requise au conseil. Prenez alors le speeder vers le temple jedi. Une fois sur place, le conseil intègre Anakin à la demande du chancelier, mais lui refuse le titre de maître. Ils en profitent pour demander à Anakin de surveiller les agissements de Palpatine. Enfin, le conseil envoie Obi Wan dans la bordure extérieure pour enquêter sur Grievous.