Alors que les Gungan se rendent, on s'intéresse à Anakin qui entre temps à décoller avec le vaisseau dans lequel il était censé rester tranquille dans le hangar du palais royal de Naboo. Il se retrouve alors pris en plein dans une bataille spatiale contre la Fédération du commerce.

En face de vous, vous avez alors l'imposant vaisseau amiral de la fédération qui fait office de boss. Ce vaisseau, pour le détruire, vous allez devoir tirer sur des antennes de communications et des tourelles de défense qui se trouvent à sa surface.

Mais vous aurez aussi fort affaire avec des chasseurs qui vous poursuivront et que vous pourrez aussi détruire. Tirez sur ces objectifs, évitez les missiles quand un QTE apparaît sur l’écran et vous devriez faire tomber la barre de vie du vaisseau amiral à zéro en quelques minutes seulement.

Une fois que c’est fait, une cinématique s’enclenche dans laquelle on vous indique que pour détruire complètement ce vaisseau amiral, il faut faire exploser les réacteurs. Vous entrez alors à l'intérieur de ce dernier et devez éviter les obstacles pendant quelque temps. Malheureusement, vous allez vous faire tirer dessus et tomberez en plein milieu d’un hangar.

Ici, c'est simple, utilisez vos torpilles et vos tirs pour venir à bout de tout ce qui se trouve en face de vous. Une fois que c’est fait, la pièce du fond s'ouvre et vous donne accès aux quatre générateurs qu’il suffit de détruire. Une fois que c’est fait, le vaisseau amiral est vaincu et les droïdes désactivés, ce qui permet à la résistance de Naboo de remporter la victoire contre la Fédération du commerce.