Choisissez de rentrer discrètement, allez sur la gauche du QG et rentrez par la petite porte. Montez les nombreux escaliers, vous arrivez à l'étage 59. Eliminez les 3 soldats et vous obtenez la carte pour accèder à l'étage 60. Grimpez à cet étage via l'ascenseur, allez sur la gauche et rentrez dans la salle. Notez sur la droite la présence de statues et de gardes qui font des rondes derrière. Vous devez avancer tout en vous cachant derrière ces statues (déplacez-vous au moment où les gars bougent).
Guidez ensuite les 2 autres personnages (de la même manière) et montez au niveau supérieur (attention, la moindre erreur lors de vos déplacements et des gardes vous attaqueront. De plus vous devrez tout recommencer depuis le début). A l'étage suivant discutez avec toutes les personnes. Un employé vous demande ce que vous cherchez ici, répondez ... (2ème possibilité), il croit que vous êtes le réparateur et vous remet la clé de l'étage 62. Montez donc à l'étage 62, allez sur la gauche et rentrez dans le bureau du maire (une personne se tient devant la porte). Il vous demande un mot de passe, répondez "Mako" et vous obtenez la carte d'accès à l'étage 65 ainsi que la matéria El Base.
Arrivé à l'étage 63, rentrez dans la salle en bas à droite, placez votre coupon et vous avez l'autorisation d'ouvrir 3 portes. A vous de choisir celles que vous désirez, cet étage ne vous permet que de gagner des bonus. Ceci étant fait, montez au niveau suivant. Reconstituez la maquette de Midgar en plaçant les morceaux manquants (cachés dans les coffres), puis montez à l'étage supérieur (passez celui où se trouve la salle de gym, il n'y a rien d'important). Vous arrivez vers la salle de conférence, allez dans les toilettes à gauche, rentrez dedans et grimpez dans le conduit d'aération.
Avancez en direction de la salle de conférence et écoutez la discussion entre le président de la Shinra et ses collaborateurs. Suivez ensuite Hojo, gravissez les escaliers derrière-lui. Dans la nouvelle zone, avancez vers la gauche, sauvegardez et utilisez l'ascenseur. Arrivé au niveau 67, avancez un peu, vous retrouvez Aeris. Après la petite vidéo, vous faites connaissance d'un nouveau compagnon, un spécimen rare nommé Rouge XIII. Malheureusement un nouveau boss vous attaque, exterminez-le, puis prenez la matéria Talents de l'ennemi dans la cellule où se trouvait Aeris.
Montez ensuite sur la petite passerelle, parlez au collaborateur d'Hojo, il vous remet une carte. Prenez ensuite les potions en bas de l'écran puis rendez-vous l'ascenseur du 66ème étage (descendez au niveau inférieur à la passerelle, allez à droite et descendez le long des escaliers.
Arrivé dans l'ascenseur, les Turks vous interpellent et vous conduisent auprès du président de la Shinra. Après avoir fait connaissance et appris des informations concernant la terre des Anciens, vous voici en prison. Parlez à vos équipiers puis reposez-vous. A votre réveil, la porte de votre cellule est ouverte, le garde tué. Parlez à Tifa puis libérer vos amis (la clé des cellules se trouve sur le garde). Allez ensuite sur la gauche, utilisez l'ascenseur, avancez sur la droite, utilisez l'escalier pour monter au niveau supérieur. Choisissez l'un
des deux escaliers pour monter dans le bureau du président. Là, vous découvrez le président tué, par Séphiroth. Sans tarder son fils arrive en hélicoptère, sortez de ce bureau par la porte sur le côté, avancez et vous rencontrez Rufus. Après la discussion, vous prenez le contrôle du groupe qui ressort de la tour, descendez de quelques niveaux et prenez l'ascenseur en bas de l'écran.
Un robot géant vous attaque alors, utilisez la magie ou les attaques de Barett (s'il est dans votre groupe) pour l'éliminer. L'attaque foudre se révèle très efficace. Vous reprenez ensuite le contrôle de Clad, vous allez devoir combattre Rufus. Le battre ne sera pas chose difficile, contentez-vous d'effectuer des attaques normales et d'utiliser la matéria Guérir (ou des potions). Rufus vaincu, une vidéo se déclenche et vous parvenez à vous enfuir de la tour Shinra.
