Vous commencez par choisir votre nom, le sexe de votre personnage et son apparence physique. Votre mère décède par la suite et il ne vous reste que votre père. Avancez vers ce dernier qui vous pose dans le parc pour enfant et referme la porte. Suivez les indications, ouvrez la porte et sortez. Prenez le livre Être S.P.E.C.I.A.L et choisissez vos compétences. Suivez ensuite votre père pour faire un bond dans le temps et vous retrouver à l'âge de 10 ans.

C'est votre 10ème anniversaire et vous recevez comme cadeau le Pip-Boy 3000. Parlez aux invitez et plus particulièrement à Amata et profitez de la fête. Parmi les enfants présents il y a Butch, ce dernier veut vous prendre votre bonbon, refusez. Si vous le contrariez, il va essayer de vous frapper. Ne reculez pas et rendez-lui coup pour coup. Allez ensuite écouter la conversation entre votre père et Jonas. Ensuite, sortez et allez vers le réacteur. Parlez à Jonas et attendez l'arrivée de votre père. Vous recevrez une carabine, allez dans le réacteur et visez sur les trois cibles. Tuez ensuite le Radroach et prenez des photos.

Vous faites un nouveau bond dans le temps et vous vous retrouvez à l'âge de 16 ans. Quittez l'infirmerie et allez à droite. Amata est dans une situation délicate, elle est en conflit avec les Tunnel Snakes. Réglez-leur leur compte en utilisant la violence ou pas (selon vos choix pendant le dialogue) puis entrez dans la salle de classe.

Allez ensuite participer à l'examen du G.O.A.T puis quittez la salle. Vous faites ensuite un nouveau bond dans le temps pour vous retrouver à l'âge de 19 ans.

Vous vous réveillez devant Amata qui est en pleurs. Elle vous apprend que votre père s'est enfui et que Jonas a été tué. Vous n'avez qu'un seul choix ; fuir à votre tour l'abri 101.

Vous pouvez aider ou pas le soldat qui est attaqué par les Radroachs, à votre droite. Allez ensuite parler à Butch. Vous pouvez l'aider en éliminant les Radroachs attaquant sa mère pour récupérer des points de Karma, l'aider en lui donnant votre pistolet ou l'ignorer complètement et le laisser se débrouiller seul.

Dirigez-vous ensuite vers l'Atirum. Passez à coté de l'agent puis éliminez les Radroachs. Montez aux escaliers et franchissez la porte. Avancez et franchissez une deuxième porte. Tuez les Radroachs et avancez.

Allez vers le serveur Administrateur et éliminez Hannon, le chef de la sécurité, en route. Vous retrouvez Amata entourée de quelques gardes ainsi que son père. Ignorez-les ou battez le Superviseur et obtenez le mot de passe en le fouillant. Vous pouvez aussi le convaincre de vous le donner. Ne lui donnez surtout pas vos armes car il n'hésitera pas à les utiliser contre vous.

Allez vers le poste du surveillant et ouvrez la porte. Piratez l'ordinateur et ouvrez le tunnel du Superviseur. Descendez les escaliers.

Ouvrez la porte de l'abri 101 et activez la commande. Fuyez l'endroit.