A sa sortie le 30 mars sur PS3 et Xbox 360, Naruto Shippuden : Ultimate Ninja Storm arrivera en édition standard ou en édition spéciale baptisée Card Edition. Comme son nom l'indique, celle-ci présentera quelques bonus supplémentaires liés au jeu de cartes de Naruto dont la nouvelle collection sera justement disponible en même temps que le jeu vidéo. Les joueurs qui opteront pour la Card Edition recevront un starter pack pour leur permettre de commencer à jouer au jeu de cartes, mais également un booster pack comprenant quelques cartes supplémentaires. L'originalité de la chose, c'est que toutes les cartes booster seront compatibles avec le jeu vidéo. En entrant le code de la carte dans le jeu vidéo, les joueurs obtiendront l'image de ladite carte à utiliser comme profil. Ils recevront également une copie virtuelle de la carte en question pour pouvoir l'utiliser dans un mode spécial en ligne. Avant chaque combat, une petite bataille de cartes interviendra pour attribuer des bonus à celui qui remporte le duel.