Pour répondre à ta question : (je n'ai pas encore fini celui ci, donc ce n'est qu'un avis provisoire)
Il est plus scénarisé et moins libre si tu choisis le mode histoire. Tu as alors deux classes exclusives à ce mode. Par contre tu peux aussi jouer en mode classique, tu auras les mêmes classes que dans Etrian Odyssey I (mais elles ont été remaniées) et tu pourras construire ton équipe comme tu veux (avec même PLUS de liberté que dans l'original, grâce aux grimoires, qui te permettent d'apprendre des skills qui viennent de monstres/d'autres classes).
Niveau difficulté, je joue pour l'instant en mode histoire, et il est plus facile que EO1. Maintenant, j'ai vaguement entendu (donc info à prendre avec des pincettes) que le mode classique était plus difficile. Je laisse d'autres te répondre à ma place sur ce point.
Maintenant que j'ai répondu, j'aimerais quand même te conseiller de jouer à EO4 avant puisque tu l'as déjà. Pas la peine de re-claquer 40€ alors que tu n'accrocheras peut-être pas à la série. Du coup, ne prends pas de risque et joue au 4, et si une fois fini tu en veux plus, joue à Untold, et si une fois fini tu en veux plus, joue à EO2 et EO3.