Là encore, l'entrée en scène du boss s'avère particulièrement efficace puisque Link pénètre dans une salle déserte et c'est seulement lorsqu'il se décide à rebrousser chemin que le portail se referme devant lui. Jaillissant des tableaux qui ornent cette pièce, Ganon spectral multiplie les illusions pour dérouter le joueur qui est obligé de balayer l'écran à 360° jusqu'à localiser son véritable adversaire. Le délai pour le transpercer d'une flèche est également très serré et le combat finit vite par donner le tournis. S'ensuit alors un bras de fer entre les deux opposants qui se renvoient une sphère d'énergie avec un timing de métronome.
Temple du feu oblige, l'antre de Volcania est cerné par les flammes et truffé de puits de lave. Dans l'impossibilité de quitter cet endroit, Link est contraint de faire face à un dragon cracheur de feu qui se cache dans les puits de lave pour surprendre son adversaire. Protégé par une carapace en béton, le boss nous oblige à recourir à la masse des titans pour exposer son point faible. Mais encore faut-il profiter du bref instant durant lequel le boss sort de son trou.
Volcania vous a fait détester le feu, Morpha vous fera haïr l'eau. Cette amibe géante surgit toujours des profondeurs pour vous attraper sans que vous ne puissiez rien faire pour vous libérer, aspirant du même coup plusieurs de vos cœurs. Mieux vaut donc rester mobile et esquiver autant que possible les assauts des tentacules tout en essayant de saisir le point faible du boss avec le grappin. Ce combat demeure malgré tout l'un des plus frustrants du jeu dans la mesure où le boss échappe constamment à vos tentatives de saisie.
Un combat d'une intensité rare puisque Link se retrouve projeté dans une arène qui tremble constamment. Pas très pratique pour viser correctement les mains géantes qu'il faut paralyser rapidement avec les flèches pour pouvoir finalement frapper l'oeil de Bongo-Bongo qui nous fonce dessus et qui est invisible sans le monocle de vérité. Certains recommandent de chausser les bottes ailées pour conserver un minimum de stabilité, mais le combat n'en reste pas moins tendu.
Après avoir bravé les épreuves du temple de l'esprit, vous voilà face aux sorcières Koume et Kotake, mères spirituelles de Ganondorf. Le duo maléfique combat d'abord séparément en vous envoyant tour à tour de la glace et du feu. A vous d'anticiper leurs attaques pour charger votre bouclier miroir qui renverra vers elles un flux dévastateur. Une fois fusionnées, les sorcières ne se montrent guère plus dangereuses, la lenteur de leurs techniques vous permettant de voir venir facilement les jets de flamme ou de glace.
