Ce qui suit contient des spoilers. Dans le deuxième volet, ainsi que dans Brotherhood, une série d'énigmes mènent le joueur à « La Vérité ». Il s'agit soit d'une vidéo (Assassin's Creed II), soit d'un programme (Assassin's Creed : Brotherhood) caché à l'intérieur de l'Animus et qui permet à un sujet précédent (le sujet 16) de laisser des indices sur l'origine de l'Homme et des artefacts. Dans la vidéo du 2, on découvre que les hommes sont esclaves et qu'Adam et Eve ont réussi à s'emparer de la Pomme d'Eden et à s'enfuir. Tout ceci remettrait donc en question de nombreuses choses. Dans Brotherhood, il s'agit d'un logiciel caché à travers lequel nous parle le sujet 16. Mais à l'heure actuelle, ses paroles demeurent obscures et sont la cible de nombreuses interprétations. Il met en garde Desmond contre quelqu'un ou quelque chose, sans vraiment en dire plus. Le dernier volet de la série devrait logiquement lever le voile là-dessus.