Une fois n'est pas coutume, nous allons donc commencer par relater les révélations scénaristiques finales du jeu. L'adolescente Cheryl Mason est totalement détruite par la mort de son père il y a de ça plusieurs années. Elle s'est donc créée une image virtuelle du Harry qu'elle connut durant son enfance. De cette façon, père et fille vivent ensemble éternellement sans que la mort ne puisse les séparer.

Etant en visite chez le psychanalyste « Dr K » à la demande de sa mère, Cheryl se remémore faussement des évènements vécus par son père. Harry Mason se prépare alors à vivre une aventure qui n'est pourtant qu'un tissu imaginaire. Ainsi, l'accident de voiture qui lui fut fatal dans la vraie vie, lui est ici inoffensif. Il part donc à la recherche de sa fille, censée être à ses côtés lors du voyage. Sa quête le mène jusqu'à Silent Hill, en proie à un froid glacial. Des phénomènes surnaturels vont s'y dérouler et Harry devra faire preuve de courage et d'héroïsme s'il veut retrouver sa fille. Pour l'aider, quatre femmes se joindront à lui : Dahlia, Lisa Garland, Michelle Valdez et Cybil Bennett (bien entendu, ces personnages ne ressemblent en rien à ceux du premier épisode ou de Silent Hill Origins). Grâce à sa détermination et à son puissant amour, Harry parvient finalement à trouver le chemin menant à son enfant. Après avoir bravé la mort et l'horreur de Silent Hill, il devient le père idéal aux yeux de Cheryl. Pour elle, son père a véritablement été son sauveur, malgré les souvenirs réels (pas toujours reluisants) qu'elle a de lui. La fin officielle met en scène les deux Mason qui se quittent avec tristesse dans le bureau du Dr K. Harry se gèle ensuite et se brise en mille morceaux, ce qui symbolise l'acceptation de Cheryl pour la perte se son père.