Comme nous allons le voir, Homecoming reprend presque à l'identique le principe scénaristique de Silent Hill 2 et Silent Hill Origins. Le personnage principal s'imagine vivre un cauchemar dans la ville de Silent Hill, ce qui est en fait le reflet de sa culpabilité quant à la mort d'un être cher.

Alex Sheperd est un jeune militaire qui rentre chez lui pour voir ses proches. Sheperd's Glen, le village paisible qu'il a connu autrefois s'est désormais transformé en un endroit maudit. Les habitants disparaissent, des monstres rôdent et les survivants tombent dans la folie. Aucune de ses connaissances (son amie Elle Holloway, sa mère Lillian, le policier Wheeler, le maire Sam Bartlett, la juge Margaret Holloway, le docteur Martin Fitch, le vendeur Curtis Ackers) n'est capable de lui dire où se trouve Joshua, son petit frère adoré. Progressivement, la ville de Sheperd's Glen laisse place à Silent Hill, le véritable purgatoire où le héros devra expier ses fautes. Toujours à la recherche de son frère, Alex découvre que le village renfermait un sinistre secret. A chaque génération, les habitants devaient sacrifier un de leurs enfants pour accomplir un étrange rituel. Par conséquent, les Sheperd ne dérogeaient pas à la règle. Fatalement, le père de famille Adam Sheperd projetait d'offrir son fils Alex en sacrifice. Mais cette troublante révélation n'est pourtant qu'un pan d'une histoire bien malheureuse puisque la vérité éclate au moment même où le héros avance sur la voie de la rédemption. En réalité, tout n'était qu'illusion et imagination de la part d'Alex. Ayant malencontreusement tué Joshua, Alex s'était perdu dans un océan de culpabilité. Il s'était même imaginé en tant que militaire et sauveteur de son frère. Après la mort de l'enfant, Adam, le père, ne pouvait se résigner à sacrifier le seul fils qui lui restait. Il l'emmena donc dans un hôpital psychiatrique sadique, sous étroite surveillance. La totalité de l'aventure que l'on croyait vivre n'était en fait qu'un fantasme rêvé par un individu attaché à un lit de fou. Dans la fin officielle, Alex se réveille dans son lit d'hôpital, entre deux séances de torture.