La deuxième principale source d'inspiration pour constituer le monde de Tales of Phantasia fut la mythologie grecque. Très sûrement la plus connue à travers le monde et très souvent utilisée pour créer des univers fantastiques, cette mythologie offre ici à ce jeu beaucoup d'éléments différents, même si on en dénombre moins que pour la mythologie scandinave.

Ce sont surtout des noms de créatures imaginaires qui reviennent. Ainsi, les héros du jeu devront approcher une licorne pour pouvoir bénéficier des capacités médicinales de sa corne, avec bien entendu les conditions nécessaires de la légende, à savoir que seule une vierge pure peut s'en approcher. Dans le bestiaire, nous retrouvons les non moins connus chimères, basilics, gorgones ou même Arès, le dieu grec de la guerre. Par ailleurs, sur le sol de chaque étage de la Tour du zodiaque du jeu vidéo se trouvent des gravures de chacun des douze signes du zodiaque grecs.

Enfin, la référence la plus notable à cette mythologie est certainement la cité de Thor, originellement l'Atlantide. Cette ville ensevelie sous les eaux il y a bien longtemps dans le jeu reprend fidèlement le mythe instauré par Platon, célèbre philosophe grec. Les héros du jeu s'y rendront pour trouver une ancienne technologie très sophistiquée et devront se battre contre plusieurs types de robots de surveillance armés jusqu'aux dents, sûrement le côté « mecha » qu'il fallait pour combler le public japonais. Ici, le nom de Thor n'a rien de grec, mais vient en revanche lui aussi de la mythologie nordique, puisqu'il n'y s'agit pas moins que du dieu du tonnerre.