L'arrivée des consoles 16-bits, à la toute fin des années 80, n'a pas tout de suite rimé avec un renouveau de l'environnement sonore. La PC Engine améliorait la qualité globale des sons, sans plus. La Megadrive, même si elle améliorait de nouveau les acquis, n'aura pas marqué par les compositions musicales de ses jeux, montrant sans doute que ce n'était pas la priorité de Sega à l'époque. Néanmoins, cela n'empêchera pas certains jeux comme ceux de la série des Golden Axe, des Streets of Rage, des Phantasy Star ou des Sonic the Hedgehog d'être appréciés entre autres pour leurs musiques.

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Heureusement pour les mélomanes, la Super Nintendo, sortie au début des années 90, provoquera un nouveau bond en avant de la qualité sonore. Ironie du sort, c'est une puce fabriquée par Sony (à l'époque, Nintendo et Sony était plutôt proches) qui permettra les compositions qui ont fait de cette console une légende. Super Mario World, Zelda 3 : A Link To The Past ou Super Castlevania IV seront les premiers à marquer les esprits par leur bande-son sur cette nouvelle console. Maintenant, chaque thème a son importance et doit se fondre à l'environnement du jeu quel que soit le niveau dans lequel le joueur se trouve, d'autant que les compositeurs sont beaucoup moins limités par la technique avec cette nouvelle console. Au fur et à mesure des années, avec la pratique, le talent artistique des créateurs est de plus en plus présent dans les productions.

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Néanmoins, c'est un compositeur inconnu jusque là, Hiroki Kikuta, qui aidera la musique de jeu vidéo à atteindre de nouveaux cieux avec la BO de Secret of Mana. Square prit clairement un risque en choisissant Kikuta, car ces compositions, alliant titres envoûtants et morceaux hystériques, pianos et percussions, larmes et sourires, étaient vraiment différentes de ce à quoi ressemblait la musique de jeu vidéo jusque là. Un nouveau palier artistique était franchi.

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Final Fantasy VI sortait l'année suivante, accompagné de l'ouvrage qui est encore aujourd'hui considéré par beaucoup comme la plus belle de Nobuo Uematsu.

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Mais les RPG ne sont pas les seuls jeux à toucher le cœur des joueurs. Fin 1994, Kenji Yamamoto et Minako Hamano signeront les musiques prenantes et volontairement inconfortables de Super Metroid, qui hantent encore le souvenir des joueurs. Aujourd'hui encore, la Super Nintendo est considérée par beaucoup de fans comme la console ayant bénéficié des meilleures compositions.